Распечатка списка объектов Grange - PullRequest
Новая
       31

Распечатка списка объектов Grange

0 голосов
/ 26 сентября 2018

У меня есть список с грангами следующим образом: 

$
File1.bed


GRanges object with 3 ranges and 2 metadata columns:

      seqnames    ranges strand |        name

         <Rle> <IRanges>  <Rle> | <character>

  [1]    chr1   [ 4,  6]      + |         TF1

  [2]     chr1  [ 9,  9]      + |         TF1

  [3]     chr1  [11, 12]      - |         TF1

  -------

  seqinfo: 2 sequences from an unspecified genome; no seqlengths

$
File1.bed


GRanges object with 3 ranges and 2 metadata columns:

      seqnames    ranges strand |        name     score

         <Rle> <IRanges>  <Rle> | <character> <numeric>

  [1]    chr2   [ 5, 60]      + |         TF4         0

  [2]     chr1  [21, 90]      + |         TF4         0

  [3]     chr2  [23, 30]      - |         TF4         0

  -------

  seqinfo: 3 sequences from an unspecified genome; no seqlengths

Я хотел бы сделать эти списки одним списком, чтобы объединить их в один.Я использую 

data_bed = unlist(as(data_bed, "GRangesList"))

Но это дает мне ошибку, поскольку объекты Grange имеют разные столбцы и поэтому не могут быть объединены в один.Есть ли способ выбрать столбцы, которые мне нужны, чтобы создать список из столбцов, которые я хочу?

Есть мысли?

Пример ввода: 

structure(list(`C:/Users/Documents/test_data/File1.bed` = <S4 object of class structure("GRanges", package = "GenomicRanges")>, 
    `C:/Users/Documents/test_data/File2.bed` = <S4 object of class structure("GRanges", package = "GenomicRanges")>), .Names = c("C:/Users/Documents/test_data/File1.bed", 
"C:/Users/Documents/test_data/File2.bed"))
...