Как я получаю данные секвенирования РНК отдельных клеток из базы данных GEO? - PullRequest
Новая
       92

Как я получаю данные секвенирования РНК отдельных клеток из базы данных GEO?

0 голосов
/ 13 апреля 2020

Я новичок в R и вычислительной биологии. Я пытаюсь просмотреть опубликованный набор данных, чтобы проверить экспрессию генов для моего собственного проекта. У меня возникают проблемы с поиском материалов, которые научили бы меня анализировать данные секвенирования РНК в одной клетке на основе R из базы данных GEO NCBI.

Это данные, к которым я пытаюсь получить доступ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE138651

Буду признателен за любые указания или предложения для учебных пособий.

Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 02 мая 2020

Возможно, вы захотите проверить BioConductor GEOquery пакет .

Установка с использованием 

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GEOquery")

Подробнее о том, как используйте этот пакет и прочитайте данные из GEO, которые можно найти в виньетка

...