Основной запрос о разборе файла Genbank из интернета - PullRequest
Новая
       94

Основной запрос о разборе файла Genbank из интернета

0 голосов
/ 22 октября 2019

Я изучаю Biopython, и я имею в виду «Учебник и поваренная книга по Biopython Джеффа Чанга и др.». Я в настоящее время в главе 5, где я попытался разобрать файл Genbank из Интернета. Я попробовал процедуру из учебника и получил все результаты правильно, однако, когда я использовал свой собственный метод (я использую Python 2.7), первые данные отсутствуют. Может ли кто-нибудь помочь мне определить, что я делаю неправильно? Вот коды

Учебное пособие ... 

    from Bio import Entrez

    from Bio import SeqIO

    from contextlib import closing

    Entrez.email = "my-email-address@gmail.com"

    with closing(Entrez.efetch(db="nucleotide", rettype="gb", retmode="text", id="6273291,6273290,6273289")) as handle:

        for seq in SeqIO.parse(handle, "gb"):
            print seq.id+",\t"+seq.description[:60]+"... from "+seq.annotations["source"]

Вывод:

AF191665.1, Opuntia marenae rpl16 ген;ген хлоропласта для хлоропласта ... из хлоропласта Grusonia marenae

AF191664.1, ген Opuntia clavata rpl16;ген хлоропласта для хлоропласта ... из хлоропласта Grusonia clavata

AF191663.1, ген Opuntia bradtiana rpl16;ген хлоропласта для хлоропла ... из хлоропласта Grusonia bradtiana

Мой собственный метод: 

from Bio import SeqIO

from Bio import Entrez

Entrez.email="my-email-address@gmail.com"

handle=Entrez.efetch(db="nucleotide", rettype="gb",retmode="text",id="6273291,6273290,6273289")

for seq in SeqIO.parse(handle,"gb"):
    print seq.id+",\t"+seq.description[:60]+"... from "+seq.annotations["source"]

Выход
AF191664.1,Ген опунции клаваты rpl16;ген хлоропласта для хлоропласта ... из хлоропласта Grusonia clavata

AF191663.1, ген Opuntia bradtiana rpl16;ген хлоропласта для хлоропласта ... из хлоропласта Grusonia bradtiana

...