Entrez eFetch Номер доступа - PullRequest
Новая
       73

Entrez eFetch Номер доступа

1 голос
/ 30 сентября 2019

В настоящее время мы работаем над проектом, в котором нам необходим доступ к номеру доступа NP_ из ClinVar. Однако когда мы используем функцию Entrez.eFetch (), эта информация, по-видимому, отсутствует в результате. Вот ссылка на страницу веб-сайта, где указан номер NP_:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/558834/

А вот пример кода сценария Python, который извлекает результат XML: 

handle = Entrez.efetch(db="clinvar", id=558834, rettype='variation', retmode="text")
print(handle.read())

Интересно, что использовал для возврата номера NP в результатах, однако, похоже, что форматирование / стиль веб-сайта изменились с того момента, когда мы в последний раз разрабатывали наш скрипт на Python, и мы не можем понять, какчтобы получить номер NP сейчас.

Любая помощь будет принята с благодарностью! Спасибо за ваше время и вклад!

1 Ответ

0 голосов
/ 30 сентября 2019

Вам необходимо отформатировать его как новый запрос , а не старый : 

handle = Entrez.efetch(db="clinvar", id=558834, rettype='vcv', is_varationid="true", from_esearch="true")
print(handle.read())

См. Также: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/docs/maintenance_use/

...