Сделать цикл биопиона Entrez.esearch через параметры - PullRequest
Новая
       71

Сделать цикл биопиона Entrez.esearch через параметры

0 голосов
/ 12 июня 2018

Я пытаюсь адаптировать скрипт (найден здесь: https://gist.github.com/bonzanini/5a4c39e4c02502a8451d) для поиска и извлечения данных из PubMed.

Вот что у меня есть: 

#!/usr/bin/env python

from Bio import Entrez
import datetime
import json

# Create dictionary of journals (the official abbreviations are not used here...)
GroupA=["Nature", "Science", "PNAS","JACS"]
GroupB=["E-life", "Mol Cell","Plos Computational","Nature communication","Cell"]
GroupC=["Nature Biotech", "Nature Chem Bio", "Nature Str Bio", "Nature Methods"]
Journals = {}
for item in GroupA:
    Journals.setdefault("A",[]).append(item)
for item in GroupB:
    Journals.setdefault("B",[]).append(item)
for item in GroupC:
    Journals.setdefault("C",[]).append(item)

# Set dates for search
today = datetime.datetime.today()
numdays = 15
dateList = []
for x in range (0, numdays):
    dateList.append(today - datetime.timedelta(days = x))
dateList[1:numdays-1] = []
today = dateList[0].strftime("%Y/%m/%d")
lastdate = dateList[1].strftime("%Y/%m/%d")
print 'Retreiving data from ' '%s to %s' % (lastdate,today)


for value in Journals['A']:
    Entrez.email = "email"
    handle = Entrez.esearch(db="pubmed",term="gpcr[TI] AND value[TA]",
sort="pubdate",retmax="10",retmode="xml",datetype="pdat",mindate=lastdate,maxdate=today) 
    record = Entrez.read(handle)
    print(record["IdList"])

Я хотел бы использовать каждое «значение» цикла for (в данном случае заголовки журнала) в качестве параметра для функции Entrez.search. Для этого нет встроенного параметра, поэтому он должен находиться внутри параметра term,но это не работает, как показано.

Как только у меня будет список идентификаторов, я буду использовать Entrez.fetch для извлечения и печати нужных мне данных, но это другой вопрос ...

Надеюсь, это достаточно ясно, первый вопрос ко мне! Спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 12 июня 2018

Если я вас правильно понимаю, я думаю, это то, что вы ищете: 

term="gpcr[TI] AND {}[TA]".format(value)

, используя это, каждый term будет: 

"gpcr[TI] AND Nature[TA]"
"gpcr[TI] AND Science[TA]"
"gpcr[TI] AND PNAS[TA]"
"gpcr[TI] AND JACS[TA]"
...