Я хочу получить 10 лучших последовательностей результатов BLAST (только последовательности, без выравнивания, оценки, электронного значения и т. Д.).Я ввожу текстовый файл, содержащий 5 быстрых файлов.Таким образом, мои выходные данные должны быть топ-10 бласт-хитов каждого файла fasta .. поэтому мой выходной файл будет иметь 50 последовательностей.и затем, передавая его в командную строку BLAST через подпроцесс как
blastp -db nr -query temp.faa -out out.faa -evalue 0.001 -gapopen 11 -gapextend 1 -matrix BLOSUM62 -remote -outfmt 2
, вывод содержит много другой информации.Должен ли я анализировать этот вывод сейчас или есть лучший способ.
Спасибо
PS XML может быть способом, но я не нашел релевантный синтаксис синтаксического анализатора NCBIXML.