Как найти нуклеотидную последовательность белка с помощью Bio python? - PullRequest
Новая
       81

Как найти нуклеотидную последовательность белка с помощью Bio python?

1 голос
/ 14 января 2020

У меня есть белки, для которых я хотел бы найти соответствующие им нуклеотидные последовательности. У меня также есть геном, в котором находится белок. В геноме я нашел соответствующий идентификатор гена для белка. Однако у меня возникают проблемы с получением нуклеотидной последовательности с идентификатором гена. Я пытался использовать Entrez Efetch: 

Entrez.email = "dddd@gmail.com"
with open("genome.gb", "w") as out_handle:
    request = Entrez.efetch(db="gene", id="2703488", rettype="gb", retmode="text")
    out_handle.write(request.read())
    request.close()

, но это только возвращает следующее: 

1. G
tail component [Escherichia virus Lambda]
Other Aliases: lambdap14
Other Designations: tail component
Annotation:  NC_001416.1 (9711..10133)
ID: 2703488

Есть ли в любом случае получить фактическую нуклеотидную последовательность с использованием Efetch? Заранее спасибо!

1 Ответ

3 голосов
/ 14 января 2020

Вы можете получить последовательность из нуклеотида NCBI, используя информацию в строке Annotation:: 

>>> from Bio import Entrez, SeqIO
>>> Entrez.email = ''
>>> request = Entrez.efetch(db="nuccore", id="NC_001416.1", rettype="fasta", seq_start="9711", seq_stop="10133")
>>> seq_record = SeqIO.read(request, "fasta")
>>> seq_record
SeqRecord(seq=Seq('ATGTTCCTGAAAACCGAATCATTTGAACATAACGGTGTGACCGTCACGCTTTCT...TGA', SingleLetterAlphabet()), id='NC_001416.1:9711-10133', name='NC_001416.1:9711-10133', description='NC_001416.1:9711-10133 Enterobacteria phage lambda, complete genome', dbxrefs=[])
>>> print(seq_record.seq)
ATGTTCCTGAAAACCGAATCATTTGAACATAACGGTGTGACCGTCACGCTTTCTGAACTGTCAGCCCTGCAGCGCATTGAGCATCTCGCCCTGATGAAACGGCAGGCAGAACAGGCGGAGTCAGACAGCAACCGGAAGTTTACTGTGGAAGACGCCATCAGAACCGGCGCGTTTCTGGTGGCGATGTCCCTGTGGCATAACCATCCGCAGAAGACGCAGATGCCGTCCATGAATGAAGCCGTTAAACAGATTGAGCAGGAAGTGCTTACCACCTGGCCCACGGAGGCAATTTCTCATGCTGAAAACGTGGTGTACCGGCTGTCTGGTATGTATGAGTTTGTGGTGAATAATGCCCCTGAACAGACAGAGGACGCCGGGCCCGCAGAGCCTGTTTCTGCGGGAAAGTGTTCGACGGTGAGCTGA
...