Как разделить счетчик шаблонов с помощью R?

Question

через программу я получил следующий счетчик шаблонов.

Счетчик ({'CCCC': 22115, 'TTTT': 22043, 'AAAA': 22037, 'GGGG': 21930, 'AAAC': 154, 'TTAT': 152, 'CCCA': 152,' CCTC ': 152,' GGGC ': 151,' TTTG ': 150,' GTGG ': 149,' GCCC ': 148,' CCGC ': 145,' CGGG ': 145,' TGGG ':144, «AGAA»: 144, «TTGT»: 144, «GAAA»: 142, «CCCG»: 142, «CCCT»: 142, «TCCC»: 141, «CAAA»: 139, «ATTT»: 137,«CGCC»: 134, «GGTG»: 133, «GAGG»: 133, «TTTA»: 132, «CTTT»: 131, «TCTT»: 131, «ACCC»: 130, «AGGG»: 130, «GGAG»': 129,' AACA ': 129,' TAAA ': 129,' TATT ': 128,' TTTC ': 128,' AAGA ': 127,' GGGA ': 126,' ACAA ': 126,' TTCT ':125, «CTCC»: 124, «GCGG»: 124, «ATAA»: 123, «GGCG»: 120, «CACC»: 119, «AAAT»: 118, «AATA»: 117, «AAAG»: 114,«GTTT»: 114, «TGTT»: 112, «GGGT»: 112, «CCAC»: 110, «CGCG»: 45, «AACC»: 43, «TTAA»: 41, «CTCT»: 41, «GGCC»': 41,' ACTC ': 40,' CTTC ': 40,' GCCG ': 39,' ATTA ': 39,' ACCT ': 39,' TGCG ': 39,' ATAT ': 39,' TCTC ':38, «ACGG»: 38, «TATA»: 37, «ATCA»: 37, «CGGC»: 37, «CGAG»: 36, «AGAG»: 36, «GACA»: 35, «GTTG»: 35,«TGAG»: 35, «TGGT»: 35, «CCAA»: 35,«TTGG»: 34, «GTGT»: 34, «GCGC»: 34, «CACA»: 34, «GTAA»: 34, «GTAG»: 34, «TCCA»: 34, «TCCT»: 34, «AAGG»': 34,' GAGA ': 34,' GCTT ': 34,' GTGC ': 33,' CTAT ': 33,' TTGC ': 33,' CGGA ': 33,' AGGA ': 32,' GACG ':32, «AATT»: 32, «CAAC»: 32, «CTGC»: 32, «CTAC»: 32, «ACGA»: 32, «CGAC»: 32, «CCGG»: 32, «TCTG»: 32,«GGAA»: 32, «GGAT»: 32, «TGCT»: 32, «TTAG»: 32, «GCTG»: 32, «GAGT»: 31, «AGGC»: 31, «TTCC»: 31, «ATGA»': 31,' TTCA ': 31,' CCAT ': 31,' AAGT ': 31,' GAGC ': 31,' GTAT ': 31,' CGAA ': 31,' TCAT ': 31,' ATTC ':31, «TGTG»: 30, «AGTT»: 30, «ATCC»: 30, «AGCA»: 30, «GTCT»: 30, «TGTC»: 30, «TCAC»: 30, «CACT»: 30,«ACTA»: 30, «TAAT»: 30, «CCGT»: 30, «CCTA»: 29, «TCGG»: 29, «GGTA»: 29, «TATG»: 29, «AACG»: 29, «CACG»': 29,' GATT ': 29,' ATCT ': 29,' TGGC ': 29,' AGCC ': 29,' TATC ': 29,' GCTC ': 29,' GGCT ': 29,' TCTA ':29, «AACT»: 28, «CCTT»: 28, «CTTA»: 28, «TGTA»: 28, «TAGT»: 28, «AGTG»: 28, «CCGA»: 27, «AATG»: 27,«CCTG»: 27, «CTGT»: 27, «СЛКП»: 27, «GTCC»: 27, «GGTT»: 27, «ACAC»: 26, «TACC»: 26, «CATC»: 26, «CA»TA ': 26,' GTGA ': 26,' TGAA ': 26,' GGTC ': 26,' CTTG ': 26,' GCAC ': 26,' GGCA ': 26,' CGTC ': 26,' CTGG ': 26, «TAAG»: 26, «TCGT»: 26, «TGAT»: 25, «CAGA»: 25, «GAAC»: 25, «ACCA»: 25, «TTAC»: 25, «CATT»: 25, «AGAT»: 25, «CGGT»: 25, «ATTG»: 25, «TTGA»: 25, «GATA»: 24, «GGAC»: 24, «AAGC»: 24, «GTCA»: 24, «CAAT ': 24,' GCAG ': 24,' ACAT ': 24,' TGCC ': 24,' ATAG ': 24,' CGTG ': 24,' CGCA ': 24,' TAGG ': 23,' ACCG ': 23, «TTCG»: 23, «AGCG»: 23, «GTTC»: 23, «ACTT»: 23, «CGTT»: 23, «AGAC»: 23, «GCAT»: 22, «TCCG»: 22, «TAAC»: 22, «ACGC»: 22, «CAGC»: 22, «GACC»: 22, «CATG»: 22, «TCGA»: 22, «TAGA»: 22, «GCAA»: 22, «CTCG ': 22,' TACT ': 22,' AATC ': 21,' CGCT ': 21,' GAAT ': 21,' GCGT ': 21,' AGTA ': 21,' GCCA ': 21,' ATGG ': 21, «TCAA»: 21, «CTCA»: 21, «TGGA»: 20, «GAAG»: 20, «GATC»: 20, «TGCA»: 20, «GCCT»: 19, «GTCG»: 19, «CAAG»: 19, «TCGC»: 19, «CTGA»: 19, «GATG»: 19, «CTAA»: 19, «GCGA»: 19, «ATAC»: 18, «GTTA»: 18, «GCTA ': 18, «AGGT»: 18, «CCAG»: 18, «ACAG»: 18, «CTAG»: 17, «CGTA»: 17, «ACGT»: 17, «TACA»: 17, «AGCT»:16, «CAGG»: 16, «ATGT»: 16, «ATCG»: 16, «ATGC»: 15, «TGAC»: 14, «TAGC»: 14, «ACTG»: 14, «TCAG»: 14,«CGAT»: 14, «TACG»: 13, «CAGT»: 11, «GTAC»: 10, «GACT»: 9})

Я хочу преобразовать его в виде списка,так что в первом столбце «AAAA» есть все соответствующие значения, а также для всех комбинаций.У кого-нибудь есть идеи, как это хорошо запрограммировать?

Вот как я читаю данные в R:

daten <- read.table ("/ PATTERN.txt",header = FALSE, sep = "\ t"); </p>

До сих пор я пробовал прямое чтение, но почему-то это не сработало.Это должно выглядеть так:

AAAA CCCC

1 22128 22127

Большое спасибо!

Answer 1

Если строки, воспроизводимые в примечании в конце, содержат данные, то в них замените Counter( на [, ) на ] и ' на " и прочитайте их, используя fromJSON:

library(jsonlite)

fromJSON(gsub("'", '"', 
           sub("\\)", "]", 
             sub("Counter.","[", Lines))))

подача:

   CCCC  TTTT  AAAA  GGGG AAAC TTAT CCCA CCTC GGGC TTTG GTGG GCCC CCGC CGGG
1 22115 22043 22037 21930  154  152  152  152  151  150  149  148  145  145
  TGGG AGAA TTGT GAAA CCCG CCCT TCCC CAAA ATTT CGCC GGTG GAGG TTTA CTTT TCTT
1  144  144  144  142  142  142  141  139  137  134  133  133  132  131  131
  ACCC AGGG GGAG AACA TAAA TATT TTTC AAGA GGGA ACAA TTCT CTCC GCGG ATAA GGCG
1  130  130  129  129  129  128  128  127  126  126  125  124  124  123  120
  CACC AAAT AATA AAAG GTTT TGTT GGGT CCAC CGCG AACC TTAA CTCT GGCC ACTC CTTC
1  119  118  117  114  114  112  112  110   45   43   41   41   41   40   40
  GCCG ATTA ACCT TGCG ATAT TCTC ACGG TATA ATCA CGGC CGAG AGAG GACA GTTG TGAG
1   39   39   39   39   39   38   38   37   37   37   36   36   35   35   35
  TGGT CCAA TTGG GTGT GCGC CACA GTAA GTAG TCCA TCCT AAGG GAGA GCTT GTGC CTAT
1   35   35   34   34   34   34   34   34   34   34   34   34   34   33   33
  TTGC CGGA AGGA GACG AATT CAAC CTGC CTAC ACGA CGAC CCGG TCTG GGAA GGAT TGCT
1   33   33   32   32   32   32   32   32   32   32   32   32   32   32   32
  TTAG GCTG GAGT AGGC TTCC ATGA TTCA CCAT AAGT GAGC GTAT CGAA TCAT ATTC TGTG
1   32   32   31   31   31   31   31   31   31   31   31   31   31   31   30
  AGTT ATCC AGCA GTCT TGTC TCAC CACT ACTA TAAT CCGT CCTA TCGG GGTA TATG AACG
1   30   30   30   30   30   30   30   30   30   30   29   29   29   29   29
  CACG GATT ATCT TGGC AGCC TATC GCTC GGCT TCTA AACT CCTT CTTA TGTA TAGT AGTG
1   29   29   29   29   29   29   29   29   29   28   28   28   28   28   28
  CCGA AATG CCTG CTGT AGTC GTCC GGTT ACAC TACC CATC CATA GTGA TGAA GGTC CTTG
1   27   27   27   27   27   27   27   26   26   26   26   26   26   26   26
  GCAC GGCA CGTC CTGG TAAG TCGT TGAT CAGA GAAC ACCA TTAC CATT AGAT CGGT ATTG
1   26   26   26   26   26   26   25   25   25   25   25   25   25   25   25
  TTGA GATA GGAC AAGC GTCA CAAT GCAG ACAT TGCC ATAG CGTG CGCA TAGG ACCG TTCG
1   25   24   24   24   24   24   24   24   24   24   24   24   23   23   23
  AGCG GTTC ACTT CGTT AGAC GCAT TCCG TAAC ACGC CAGC GACC CATG TCGA TAGA GCAA
1   23   23   23   23   23   22   22   22   22   22   22   22   22   22   22
  CTCG TACT AATC CGCT GAAT GCGT AGTA GCCA ATGG TCAA CTCA TGGA GAAG GATC TGCA
1   22   22   21   21   21   21   21   21   21   21   21   20   20   20   20
  GCCT GTCG CAAG TCGC CTGA GATG CTAA GCGA ATAC GTTA GCTA AGGT CCAG ACAG CTAG
1   19   19   19   19   19   19   19   19   18   18   18   18   18   18   17
  CGTA ACGT TACA AGCT CAGG ATGT ATCG ATGC TGAC TAGC ACTG TCAG CGAT TACG CAGT
1   17   17   17   16   16   16   16   15   14   14   14   14   14   13   11
  GTAC GACT
1   10    9

Примечание

Lines <- "
Counter({'CCCC': 22115, 'TTTT': 22043, 'AAAA': 22037, 'GGGG':21930, 'AAAC': 154, 'TTAT': 152, 'CCCA': 152, 'CCTC': 152, 'GGGC': 151, 'TTTG': 150, 'GTGG': 149, 'GCCC': 148, 'CCGC': 145, 'CGGG': 145, 'TGGG': 144, 'AGAA': 144, 'TTGT': 144, 'GAAA': 142, 'CCCG': 142, 'CCCT': 142, 'TCCC': 141, 'CAAA': 139, 'ATTT': 137, 'CGCC': 134, 'GGTG': 133, 'GAGG': 133, 'TTTA': 132, 'CTTT': 131, 'TCTT': 131, 'ACCC': 130, 'AGGG': 130, 'GGAG': 129, 'AACA': 129, 'TAAA': 129, 'TATT': 128, 'TTTC': 128, 'AAGA': 127, 'GGGA': 126, 'ACAA': 126, 'TTCT': 125, 'CTCC': 124, 'GCGG': 124, 'ATAA': 123, 'GGCG': 120, 'CACC': 119, 'AAAT': 118, 'AATA': 117, 'AAAG': 114, 'GTTT': 114, 'TGTT': 112, 'GGGT': 112, 'CCAC': 110, 'CGCG': 45, 'AACC': 43, 'TTAA': 41, 'CTCT': 41, 'GGCC': 41, 'ACTC': 40, 'CTTC': 40, 'GCCG': 39, 'ATTA': 39, 'ACCT': 39, 'TGCG': 39, 'ATAT': 39, 'TCTC': 38, 'ACGG': 38, 'TATA': 37, 'ATCA': 37, 'CGGC': 37, 'CGAG': 36, 'AGAG': 36, 'GACA': 35, 'GTTG': 35, 'TGAG': 35, 'TGGT': 35, 'CCAA': 35, 'TTGG': 34, 'GTGT': 34, 'GCGC': 34, 'CACA': 34, 'GTAA': 34, 'GTAG': 34, 'TCCA': 34, 'TCCT': 34, 'AAGG': 34, 'GAGA': 34, 'GCTT': 34, 'GTGC': 33, 'CTAT': 33, 'TTGC': 33, 'CGGA': 33, 'AGGA': 32, 'GACG': 32, 'AATT': 32, 'CAAC': 32, 'CTGC': 32, 'CTAC': 32, 'ACGA': 32, 'CGAC': 32, 'CCGG': 32, 'TCTG': 32, 'GGAA': 32, 'GGAT': 32, 'TGCT': 32, 'TTAG': 32, 'GCTG': 32, 'GAGT': 31, 'AGGC': 31, 'TTCC': 31, 'ATGA': 31, 'TTCA': 31, 'CCAT': 31, 'AAGT': 31, 'GAGC': 31, 'GTAT': 31, 'CGAA': 31, 'TCAT': 31, 'ATTC': 31, 'TGTG': 30, 'AGTT': 30, 'ATCC': 30, 'AGCA': 30, 'GTCT': 30, 'TGTC': 30, 'TCAC': 30, 'CACT': 30, 'ACTA': 30, 'TAAT': 30, 'CCGT': 30, 'CCTA': 29, 'TCGG': 29, 'GGTA': 29, 'TATG': 29, 'AACG': 29, 'CACG': 29, 'GATT': 29, 'ATCT': 29, 'TGGC': 29, 'AGCC': 29, 'TATC': 29, 'GCTC': 29, 'GGCT': 29, 'TCTA': 29, 'AACT': 28, 'CCTT': 28, 'CTTA': 28, 'TGTA': 28, 'TAGT': 28, 'AGTG': 28, 'CCGA': 27, 'AATG': 27, 'CCTG': 27, 'CTGT': 27, 'AGTC': 27, 'GTCC': 27, 'GGTT': 27, 'ACAC': 26, 'TACC': 26, 'CATC': 26, 'CATA': 26, 'GTGA': 26, 'TGAA': 26, 'GGTC': 26, 'CTTG': 26, 'GCAC': 26, 'GGCA': 26, 'CGTC': 26, 'CTGG': 26, 'TAAG': 26, 'TCGT': 26, 'TGAT': 25, 'CAGA': 25, 'GAAC': 25, 'ACCA': 25, 'TTAC': 25, 'CATT': 25, 'AGAT': 25, 'CGGT': 25, 'ATTG': 25, 'TTGA': 25, 'GATA': 24, 'GGAC': 24, 'AAGC': 24, 'GTCA': 24, 'CAAT': 24, 'GCAG': 24, 'ACAT': 24, 'TGCC': 24, 'ATAG': 24, 'CGTG': 24, 'CGCA': 24, 'TAGG': 23, 'ACCG': 23, 'TTCG': 23, 'AGCG': 23, 'GTTC': 23, 'ACTT': 23, 'CGTT': 23, 'AGAC': 23, 'GCAT': 22, 'TCCG': 22, 'TAAC': 22, 'ACGC': 22, 'CAGC': 22, 'GACC': 22, 'CATG': 22, 'TCGA': 22, 'TAGA': 22, 'GCAA': 22, 'CTCG': 22, 'TACT': 22, 'AATC': 21, 'CGCT': 21, 'GAAT': 21, 'GCGT': 21, 'AGTA': 21, 'GCCA': 21, 'ATGG': 21, 'TCAA': 21, 'CTCA': 21, 'TGGA': 20, 'GAAG': 20, 'GATC': 20, 'TGCA': 20, 'GCCT': 19, 'GTCG': 19, 'CAAG': 19, 'TCGC': 19, 'CTGA': 19, 'GATG': 19, 'CTAA': 19, 'GCGA': 19, 'ATAC': 18, 'GTTA': 18, 'GCTA': 18, 'AGGT': 18, 'CCAG': 18, 'ACAG': 18, 'CTAG': 17, 'CGTA': 17, 'ACGT': 17, 'TACA': 17, 'AGCT': 16, 'CAGG': 16, 'ATGT': 16, 'ATCG': 16, 'ATGC': 15, 'TGAC': 14, 'TAGC': 14, 'ACTG': 14, 'TCAG': 14, 'CGAT': 14, 'TACG': 13, 'CAGT': 11, 'GTAC': 10, 'GACT': 9})"

Answer 2

Этот ответ может помочь вам в данном конкретном случае, но вы должны настаивать на том, чтобы тот, кто произвел этот результат, экспортировал таким образом, который может быть легко импортирован с любым языком программирования.Здесь у вас есть строковое представление объекта Python, который определенно не подходит для обмена данными.

Однако вы можете попробовать это:

#place here the correct path to the file
fn <- "pattern.txt"
#here we read the content of the file as is
filecontent <- readChar(fn,file.info(fn)$size)
#we manipulate the string a bit to have an R list
res <- eval(parse(text = gsub("[\\{\\}\n]", "", 
         gsub(":", "=", sub("Counter", "list", filecontent)))))