Правильно ли инициализированы ваши rowAarray и colArray?
Согласно вашему комментарию они не являются.
Ваш код труден для чтения, и есть противоречивые проверки, подобные этой
if (matrixentry.getColumn() > col) {
return 0;
}
if (matrixentry == null){
return 0;
}
Вы вызываете метод для объекта и только затем проверяете его на ноль.
Если вы собираетесь связать свою жизнь с программированием, а это не просто HomeWork, я бы порекомендовал вам воспринимать презентацию и выразительность кода как свою визитную карточку.