Объедините оба файла и найдите макс.
df1 <- read.csv("Path to the file1", header=T, sep=",")
df2 <- read.csv("Path to the file2", header=T, sep=",")
data <- rbind(df1,df2)
max(data['temp'])
Если у вас много файлов,
setwd('Path of the folder that contains the files')
filenames <- list.files(full.names=TRUE)
data <- lapply(filenames,function(i){read.csv(i)})
df <- do.call(rbind.data.frame, data)
max(df['temp'])