Если Eclipse (или другая программа) поддерживает переназначение сочетаний клавиш, вы можете просто переназначить ярлык на ту же физическую клавишу, которая изначально была в QWERTY, когда ваша клавиатура находится в Dvorak, поэтому она выглядит как тот же ярлык, но на самом деле сопоставлен с другим ключом.
В противном случае, я просто потратил бы время на изучение ярлыков в Дворжаке. Сначала это может быть болезненно, но вы станете еще одним шагом к независимости от QWERTY.