Мы используем Xenocode Postbuild для всего, что нам нужно, чтобы запутать. Имейте в виду, что практически любое запутывание вашей сборки замедлит ее выполнение.
EDIT
PostBuild больше не доступен, и фактически их сервер лицензий отключился, поэтому, даже если у вас была лицензионная версия, вы больше не можете ее использовать (почему вы не могли просто выпустить исходный код, люди?). Мы перешли на Crypto Obfuscator LogicNP , который был довольно интуитивно понятным и все еще прекрасно работает со сборками Compact Framework.