Вы, вероятно, установили все эти пакеты в среде, отличной от той, которая установлена в PyCharm.
В терминале вы можете набрать conda env list, чтобы увидеть список всех ваших сред.Один со звездочкой * является активным в терминале (то есть тот, в который вы устанавливаете пакеты).
Вы можете переключиться в другую среду, выполнив source activate <environment_name>.Затем вы можете установить пакеты в новой активной среде.
Еще один способ всегда устанавливать пакеты в среде, в которой ваш проект использует встроенный терминал в PyCharm.