Разверните приложение в shinyapps.io, которое зависит от пользовательского пакета, который сам имеет зависимости - PullRequest
Новая
       55

Разверните приложение в shinyapps.io, которое зависит от пользовательского пакета, который сам имеет зависимости

0 голосов
/ 05 февраля 2019

Я хотел бы развернуть блестящее приложение на shinyapps.io , но я не могу опубликовать все это в течение нескольких месяцев: - (

Может кто-нибудь объяснить, пожалуйста, мнешаг за шагом, что мне нужно сделать для конкретной настройки, описанной ниже?

Настройка

  • приложение зависит от пользовательского пакета, который находится в частном репозитории GitHub
  • У меня нет полноценного репозитория R-пакетов, доступного через RStudio Connect для установки пользовательского пакета, но я хотел бы установить его из GitHub
  • Файл .Rprofile находится в корнекаталог проекта, который я пытаюсь опубликовать, и он содержит 
local({
  r <- getOption("repos")
  r["CRAN"] <- "https://cran.rstudio.com/"
  r["mycompany"] <- "https://github.com/rappster/mypkg/"
  options(repos = r)
})
  • сборка tar.gz пользовательского пакета, хранящаяся в /opt/r-packages/<pkg-name>/<git-commit-hashkey>.tar.gz
  • aФайл gcfg находится в /etc/rstudio-connect/rstudio-connect.gcfg и содержит только SourcePackageDir = "opt/r-packages"
  • . Пользовательский пакет имеет ряд зависимостей, которые доступны в CRAN
  • , код для блестящего приложения живетв нескольких файлах в корневом каталоге проектакоторый в настоящее время соответствует проекту пакета custom (так как я думал, что это будет легче всего сделать издательской работой), но я мог бы также поместить его в его собственный проект RStudio / R, если это поможет

Из-заТрудолюбие

Я прочитал

, но не удалось заставить его работать.

Развертывание RStudio Connectошибка, которую я получаю 

<...>
[2019-02-05T11:50:16.877574592+0000] Building R package: mypkg (0.0.2.9002)
/mnt/packages/build /mnt
Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  skipping pax global extended headers
* installing to library ‘/opt/R/3.5.1/lib/R/library’
* installing *source* package ‘mypkg’ ...
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  there is no package called ‘philentropy’
ERROR: lazy loading failed for package ‘climater’
* removing ‘/opt/R/3.5.1/lib/R/library/mypkg’GET /v1/tasks/?filter=account_id:113102&filter=parent_id:584709513&count=100&offset=0 590ms
################################# End Task Log ################################# 
----- Deployment error -----
Error: Unhandled Exception: Child Task 584709513 failed: Error building image: Error building mypkg (0.0.2.9002). Build exited with non-zero status: 1

----- Error stack trace -----
3: stop(status$error, call. = FALSE)
2: client$waitForTask(taskId, quiet)
1: rsconnect::deployApp(appDir = "C:/Users/janko/Dropbox (Personal)/Code/R/Packages/_Dev/mypkg", 
       appFileManifest = "C:/Users/janko/AppData/Local/Temp/6d2a-63b4-2877-4884", 
       account = "janko-thyson", server = "shinyapps.io", appName = "mypkg", 
       appId = 585041, launch.browser = function(url) {
           message("Deployment completed: ", url)
       }, lint = FALSE, metadata = list(asMultiple = FALSE, asStatic = FALSE, 
           ignoredFiles = <...>), 
       logLevel = "verbose")
Error: Unhandled Exception: Child Task 584709513 failed: Error building image: Error building mypkg (0.0.2.9002). Build exited with non-zero status: 1
Execution halted

Означает ли это, что мне нужно построить все зависимости моего пакета, а также поместить его в opt/<pkg-dependency-name>/<git-commit-hashkey>.tar.gz?

Извините, если это дубликат иликажется немного неструктурированным / многословным, но моя голова кружится, пытаясь заставить это работать, и я понятия не имею, с чего начать с устранения неполадок ...

...