Я бы предложил разделить миры Hibernate и TopLink и использовать один компонент EJB Session для Hibernate и другой компонент EJB Session для TopLink.
Используйте транзакции, управляемые контейнером, и пусть сервер WebLogic позаботится о фиксации для обоих вызовов сессионных компонентов. Вам может понадобиться один источник данных + пул соединений для работы TopLink и другой источник данных + пул соединений для работы Hibernate.
Таким образом, вы получите правильное архитектурное разделение между двумя технологиями ORM. Я подозреваю, что попытка использовать то же соединение из работы TopLink и передача его в Hibernate (или наоборот) не будет работать, потому что, как только один инструмент вызвал commit, другой инструмент не сможет вызвать rollback: -)
Если вы делаете что-то на уровне EJB, это будет проще, чем копаться в JTA напрямую. Контейнер должен позаботиться о JTA для вас.