Ошибка: (нижний индекс) логический индекс слишком длинный в коде R WGCNA

Question

Я получаю эту ошибку:

Ошибка в TOM [modGenes, modGenes]: (нижний индекс) слишком длинный логический индекс

Когда я запускаю приведенный ниже код.Я попробовал большинство применимых советов по отладке из подобных случаев этого вопроса.Большинство связано с размерами не совпадают.Поскольку оба аргумента подмножества являются modGenes, это не должно быть проблемой здесь.У кого-нибудь есть советы?

#get the numbers of modules and genes in each module
  modTable = table(colors);
  nMods = length(modTable);

  #loop through modules to build vector of module densities
  modDensities = c();
  for (m in 1:nMods) {

#if the current module is grey and skipGrey=T, assign density of 0 and move to next module
checkGrey = names(modTable)[m] == 'grey';
if (skipGrey & checkGrey) {
  modDensities = c(modDensities, 0);
  next;
}

#otherwise get the indices for genes in the current module
#modGenes = colors == names(modTable)[m];
modGenes = is.finite(match(colors, names(modTable)[m]));
#subset the TOM for genes in the current module and compute the density as mean TOM
modTOM = TOM[modGenes, modGenes];
modDensities = c(modDensities, mean(vectorizeMatrix(modTOM, diag=diag)));}

Это структуры набора данных, с которыми я работаю:

Browse[1]> str(nMods)

 int 6

Browse[1]> str(modGenes)

 logi [1:993] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ...

Browse[1]> str(modTOM)

Error during wrapup: object 'modTOM' not found

Browse[1]> str(TOM)

 num [1:992, 1:992] 0 0.011894 0.003361 0.000277 0.011767 ...

 - attr(*, "dimnames")=List of 2

  ..$ : chr [1:992] "1" "2" "3" "4" ...

  ..$ : chr [1:992] "1" "2" "3" "4" ...

Browse[1]> str(modDensities)

 NULL

Browse[1]> str(modTable)

 'table' int [1:6(1d)] 151 124 106 339 156 117

 - attr(*, "dimnames")=List of 1

  ..$ colors: chr [1:6] "blue" "brown" "green" "grey" ...