Мне кажется, что вы пытаетесь создать портативное приложение.Портативные приложения всегда лучше, когда оригинальный автор добавляет поддержку для них, потому что они могут правильно обрабатывать реестр и другие файлы конфигурации.
Если вы все еще хотите создать приложение запуска, вы можете сделать что-то вроде этого:
OutFile "MyLauncher.exe"
RequestExecutionLevel User
SilentInstall Silent
SetCompressor LZMA
!include FileFunc.nsh
!insertmacro GetParameters
Section
${GetParameters} $1
InitPluginsDir
SetOutPath $PluginsDir
File "c:\myfiles\MyApp.exe"
File /r "c:\myfiles\otherfiles\*.*" ; If you need to include other files required by the application
ExecWait '"$PluginsDir\MyApp.exe" /param1 "pa ra m2" /param3 $1' $0 ; $1 contains the parameters passed to your launcher, remove it if you don't want to pass those arguments
SetErrorLevel $0
SetOutPath $Temp ; Don't lock $PluginsDir so it can be deleted automatically by the installer
SectionEnd