Если Gtk не может убедить оконный менеджер, вы всегда можете подключить сигнал «delete-event» и вернуть True из обратного вызова. Выполнение этого Gtk предполагает, что обратный вызов обрабатывает этот сигнал и ничего не делает.
import gtk
window = gtk.Window()
window.connect('delete-event',lambda widget, event: True)