Как активировать определенную среду Python как часть моего представления в Slurm?

Question

Я хочу запустить скрипт на кластере (файл SBATCH).Как можно активировать мою виртуальную среду (путь / к / имя_в_бен / бин / активировать).Мне нужно только добавить:

 module load python/2.7.14
source "/pathto/Python_directory/ENV2.7_new/bin/activate"

в файл my_script.sh?

Answer 1

Да.Просто убедитесь, что вставляете эти строки после SBATCH ... строк и перед любым использованием python.

Answer 2

Вы хотите активировать определенную среду Python как часть своей отправки в Slurm?Это то, что я добавляю в свой сценарий работы, и он работает хорошоОбратите внимание, что я использую Anaconda, которая по умолчанию добавляет необходимые пути к моему скрипту .bashrc после установки.Надеюсь это поможет.

....
# define and create a unique scratch directory
SCRATCH_DIRECTORY=/global/work/${USER}/kelp/${SLURM_JOBID}
mkdir -p ${SCRATCH_DIRECTORY}
cd ${SCRATCH_DIRECTORY}

# Activate Anaconda work environment for OpenDrift
source /home/${USER}/.bashrc
source activate MyEnvironment 

# we execute the job and time it
time mpirun python slurmscript.py