Как создать список S4 из 5 элементов csANNO - PullRequest
0 голосов
/ 06 февраля 2019

Я хотел бы установить / отфильтровать peakAnnoList на основе $ width> 4000. Кажется, что это не так просто из списка S4 со многими сложными элементами, включая объекты Granges и IRanges.Вот код для генерации peakAnnoList:

## loading packages
library(ChIPseeker)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
library(clusterProfiler)

files <- getSampleFiles()
peakAnnoList <- lapply(files, annotatePeak, TxDb=txdb,
                       tssRegion=c(-3000, 3000), verbose=FALSE)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...