Помните, что YAML не обязательно должен быть целиком в одном блоке или полностью в начале вашего документа Rmarkdown.
В моих отчетах Rmarkdown я помещаю тезис в отдельный блок YAML после анализа.В этот момент вы можете ссылаться на объекты R в виде встроенных выражений, как и в других Rmarkdown.Аннотация будет по-прежнему помещаться в начало выходного документа.
```{r last_chunk}
# run R code
````
---
abstract: |
On `r Sys.Date()` we analyzed `r nrow(mydata)` observations and found...
----
Единственный прием - у вас должны есть пустые строки до и после разделителей ---
для блока YAMLбыть распознанным.
Предостережение - я использую это в Rmarkdown, но не проверял это с bookdown.