В «старые времена» я собрал всю систему Linux с нуля, оставляя отладку для каждого двоичного файла. Конечно, установка была значительно больше, использование памяти было не идеальным, но у меня никогда не возникало проблем ни с компиляцией, ни с последующим выполнением.
Трудно доказать отрицание, и никто не может через анекдот, но год работы в качестве второго настольного / игрушечного сервера привел бы меня к выводу, что это действительно не проблема.
Я думаю, что флаг, который вы получаете, является стандартным предупреждением, которое пакет выдаст в Gentoo, если вы установите флаги USE, с которыми он не тестировался или с которыми он на самом деле не предназначен для установки. Пока вы знаете, что такое флаг - и в этом случае вы, кажется, - и вы не помещаете его в какие-либо «критически важные» настройки (т. Е. Вас обвинят, если что-то пойдет не так), кажется безопасным игнорировать эти предупреждения.