Вы пытаетесь сделать различие в списках имен файлов, чтобы увидеть, какие имена файлов в одной папке, а в другой нет? Если это так, выполните find folder_1 -type f в Linux или dir /s /b /ad folder_1 в DOS и перенаправьте вывод в текстовые файлы, а затем разведите содержимое текстовых файлов.
В Vim я пропускаю временные файлы и делаю :.!find folder_1 -type f в одном окне, :.!find folder_2 -type f во втором окне, затем :windo diffthis для их различий.