Беглый взгляд в Form Designer говорит мне следующее:
this.Icon = ((System.Drawing.Icon)(resources.GetObject("$this.Icon")));
То есть он сохраняется как ресурс в сборке Systems.Windows.Forms.dll.
Прямого пути нетно я видел эти ответы на похожий вопрос, который дает инструкции о том, как получить копию, хотя я лично не проверял ни одного из них.