Как я могу напечатать доверительный интервал на графиках частичной зависимости от результатов gbm? - PullRequest
Новая
       7

Как я могу напечатать доверительный интервал на графиках частичной зависимости от результатов gbm?

0 голосов
/ 01 октября 2018

Я хотел бы показать доверительный интервал (CI) на графиках частичной зависимости (PDP) от результатов gbm.

В этом пакете или общих пакетах, связанных с PDP, CI нельзя проиллюстрировать в PDP.

Есть ли способ решить эту проблему?

Заранее спасибо.

ps это мой пример кода ниже.(печать PDP без CI) 

install.packages("survival")
install.packages("randomForestSRC")
install.packages("gbm")

library(survival)
library(randomForestSRC)
library(gbm)

data(pbc, package="randomForestSRC")
data <- na.omit(pbc)

exposure <- names(data[, names(data.model) !=c("days", "status")])
formula <- as.formula(paste("Surv(days, status)~", paste(exposure, collapse="+")))

set.seed(123)
ex <- gbm(Surv(days, status)~., 
          data=data,
          distribution="coxph",
          cv.folds=5,
          shrinkage=.01,
          n.trees=1000)

plot(ex, i.var=2)
...