Да и нет.
Вы можете сделать его скрытым файлом, и теоретически вы можете установить ACL для запрета удаления (сам деинсталлятор должен будет снова редактировать ACL, прежде чем сможет его удалить), но ничто не остановит администратора отудаление файла, если они действительно хотят.
Section
SetOutPath "$InstDir"
WriteUninstaller "$InstDir\un.exe"
SetFileAttributes "$InstDir\un.exe" HIDDEN
SectionEnd
Section Uninstall
Delete "$InstDir\un.exe"
RMDir "$InstDir"
SectionEnd