Обратите внимание, что в bookdown v 0.9 класс тега <a>
внутри цитаты изменился с .footnote-ref на .footnoteRef .Так что вам нужно расширить часть своего CSS, чтобы учесть это при использовании обновленной версии bookdown:
/* don't show the wrong footnote calls */
.footnote-ref sup,
.footnoteRef sup {
display: none;
}
...
.footnote-ref,
.footnoteRef {
counter-increment: fn-call;
}
.footnote-ref::after,
.footnoteRef::after {
content: counter(fn-call);
position: relative;
top: -.5em;
font-size: 85%;
line-height: 0;
vertical-align: baseline;
}
...
См. https://github.com/rstudio/bookdown/issues/589#issuecomment-462149512 для получения более подробной информации.