Не удается установить Clang 7.0 через Easybuild на кластере - PullRequest
Новая
       6

Не удается установить Clang 7.0 через Easybuild на кластере

0 голосов
/ 09 февраля 2019

Легкая сборка Clang 7.0 не удалась на нашем кластере (у нас уже есть Clang 3.8, установленный с помощью easybuild, и мы хотим установить более новую).У меня есть два файла журнала easybuild, которые содержат отчет об установке, но я не смог найти никакого решения.Я мог бы быть слепым, хотя.Было бы очень полезно выяснить проблему!

Это короткий файл журнала (другой слишком большой):

Результат теста

Сборка / home / easybuild/Clang-7.0.0-GCC-6.4.0-2.28.eb не удалось (ошибка: сборка не удалась (первые 300 символов): команда cmd "make -j 20 check-all" завершилась с кодом выхода 2 и выводом: \ n /opt / apps / easybuild / software / CMake / 3.10.2-GCCcore-6.4.0 / bin / cmake -H / usr / local / easybuild / build / Clang / 7.0.0 / GCC-6.4.0-2.28 / llvm-7.0.0.src -B / usr / local / easybuild / build / Clang / 7.0.0 / GCC-6.4.0-2.28 / llvm.obj.1 --check-build-system CMakeFiles / M ')

Обзор протестированных easyconfigs (по порядку)
  • FAIL (проблема со сборкой) Clang-7.0.0-GCC-6.4.0-2.28.eb
Информация о времени
  • начало: среда, 30 января 2019 года 16:09:34 +0000 (UTC)
  • конец: среда, 30 января 2019 года 16:46:02 +0000 (UTC)
EasyBuild info
  • версия easybuild-framework: 3.7.1
  • версия easybuild-easyblocks: 3.7.1
  • командная строка: 
eb Clang-7.0.0-GCC-6.4.0-2.28.eb -r
  • полная конфигурация (включая значения по умолчанию): 
--allow-loaded-modules='EasyBuild'
--buildpath='/usr/local/easybuild/build'
--check-ebroot-env-vars='warn'
--cleanup-builddir
--cleanup-easyconfigs
--cleanup-tmpdir
--color='auto'
--container-type='singularity'
--containerpath='/opt/apps/easybuild/containers'
--default-opt-level='defaultopt'
--detect-loaded-modules='warn'
--disable-add-dummy-to-minimal-toolchains
--disable-allow-modules-tool-mismatch
--disable-allow-use-as-root-and-accept-consequences
--disable-avail-cfgfile-constants
--disable-avail-easyconfig-constants
--disable-avail-easyconfig-licenses
--disable-avail-easyconfig-params
--disable-avail-easyconfig-templates
--disable-avail-hooks
--disable-avail-module-naming-schemes
--disable-avail-modules-tools
--disable-avail-repositories
--disable-check-conflicts
--disable-check-contrib
--disable-check-github
--disable-check-style
--disable-consider-archived-easyconfigs
--disable-container-build-image
--disable-containerize
--disable-debug
--disable-debug-lmod
--disable-devel
--disable-dry-run
--disable-dry-run-short
--disable-dump-autopep8
--disable-dump-env-script
--disable-enforce-checksums
--disable-experimental
--disable-extended-dry-run
--disable-fetch
--disable-fixed-installdir-naming-scheme
--disable-force
--disable-group-writable-installdir
--disable-hidden
--disable-ignore-checksums
--disable-ignore-osdeps
--disable-info
--disable-install-github-token
--disable-install-latest-eb-release
--disable-job
--disable-last-log
--disable-list-toolchains
--disable-logtostdout
--disable-minimal-toolchains
--disable-module-depends-on
--disable-module-only
--disable-new-pr
--disable-package
--disable-pretend
--disable-preview-pr
--disable-quiet
--disable-read-only-installdir
--disable-rebuild
--disable-recursive-module-unload
--disable-regtest
--disable-rpath
--disable-sequential
--disable-set-default-module
--disable-set-gid-bit
--disable-show-config
--disable-show-default-configfiles
--disable-show-default-moduleclasses
--disable-show-full-config
--disable-skip
--disable-skip-test-cases
--disable-sticky-bit
--disable-terse
--disable-trace
--disable-update-modules-tool-cache
--disable-upload-test-report
--disable-use-existing-modules
--disable-verify-easyconfig-filenames
--extended-dry-run-ignore-errors
--ignore-dirs='.git,.svn'
--include-easyblocks=''
--include-module-naming-schemes=''
--include-toolchains=''
--installpath='/opt/apps/easybuild'
--job-backend='GC3Pie'
--job-max-jobs='0'
--job-max-walltime='24'
--job-output-dir='/home/easybuild'
--job-polling-interval='30.0'
--lib64-fallback-sanity-check
--logfile-format='easybuild,easybuild-%(name)s-%(version)s-%(date)s.%(time)s.log'
--max-fail-ratio-adjust-permissions='0.5'
--module-naming-scheme='EasyBuildMNS'
--module-syntax='Lua'
--moduleclasses='base,bio,cae,chem,compiler,data,debugger,devel,geo,ide,lang,lib,math,mpi,numlib,perf,phys,system,toolchain,tools,vis'
--modules-tool-version-check
--modules-tool='Lmod'
--mpi-tests
--output-format='txt'
--package-naming-scheme='EasyBuildPNS'
--package-release='1'
--package-tool-options=''
--package-tool='fpm'
--package-type='rpm'
--packagepath='/opt/apps/easybuild/packages'
--pr-target-account='easybuilders'
--pr-target-branch='develop'
--pr-target-repo='easybuild-easyconfigs'
--prefix='/opt/apps/easybuild'
--repository='FileRepository'
--repositorypath='/home/easybuild/easybuild'
--robot-paths='/home/easybuild/easybuild:'
--robot='/home/easybuild/easybuild:/opt/apps/easybuild/software/EasyBuild/3.7.1/lib/python2.7/site-packages/easybuild_easyconfigs-3.7.1-py2.7.egg/easybuild/easyconfigs'
--sourcepath='/opt/apps/easybuild/sources'
--strict='warn'
--subdir-modules='modules'
--subdir-software='software'
--suffix-modules-path='all'
--use-ccache='False'
--use-f90cache='False'
Информация о системе
  • число ядер: 20
  • модель процессора: Intel (R) Xeon (R) CPU E5-2640 v4 @ 2,40 ГГц
  • Скорость процессора: 3400.0
  • Производитель процессора: Intel
  • gcc версия: Использование встроенных спецификаций .;COLLECT_GCC = НКА;COLLECT_LTO_WRAPPER = / USR / libexec / GCC / x86_64-RedHat-Linux / 4.8.5 / LTO-оболочкой;Цель: x86_64-redhat-linux;Настраивается с помощью: ../configure --prefix = / usr --mandir = / usr / share / man --infodir = / usr / share / info --with-bugurl = http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-bootstrap--enable-shared --enable-threads = posix --enable-check = release --with-system-zlib --enable -__ cxa_atexit --disable-libunwind-исключения --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-linker-hash-style = gnu --enable-languages ​​= c, c ++, objc, obj-c ++, java, fortran, ada, go, lto --enable-plugin --enable-initfini-array --disable-libgcj --with-isl = / builddir / build / BUILD / gcc-4.8.5-20150702 / obj-x86_64-redhat-linux / isl-install --with-cloog = / builddir /build / BUILD / gcc-4.8.5-20150702 / obj-x86_64-redhat-linux / cloog-install --enable-gnu-косвенная-функция --with-tune = универсальная --with-arch_32 = x86-64 -построить = x86_64-RedHat-Linux;Модель резьбы: posix;gcc версия 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28) (GCC);
  • glibc версия: 2.17
  • имя хоста: dmi-cl-login.dmi.p.unibas.ch
  • имя операционной системы: centos linux
  • тип операционной системы: Linux
  • версия ОС: 7.5.1804
  • имя платформы: x86_64-unknown-linux
  • версия Python: 2.7.5 (по умолчанию, 11 апреля 2018 г., 07:36:10);[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)]
  • системный путь gcc: / usr / bin / gcc
  • системный путь python: / usr / bin / python
  • общий объем памяти: 64145
Список загруженных модулей
  • EasyBuild / 3.7.1
Окружающая среда 
BASH_ENV = /opt/apps/lmod/lmod/init/bash
BASH_FUNC_ml() = () {  eval $($LMOD_DIR/ml_cmd "$@")
}
BASH_FUNC_module() = () {  eval $($LMOD_CMD bash "$@") && eval $(${LMOD_SETTARG_CMD:-:} -s sh)
}
DISPLAY = 10.34.59.62:15.0
EASYBUILD_INSTALLPATH = /opt/apps/easybuild
EASYBUILD_PREFIX = /opt/apps/easybuild
EBDEVELEASYBUILD = /opt/apps/easybuild/software/EasyBuild/3.7.1/easybuild/EasyBuild-3.7.1-easybuild-devel
EBROOTEASYBUILD = /opt/apps/easybuild/software/EasyBuild/3.7.1
EBVERSIONEASYBUILD = 3.7.1
FANCYLOGGER_IGNORE_MPI4PY = 1
HISTCONTROL = ignoredups
HISTSIZE = 1000
HOME = /home/easybuild
HOSTNAME = dmi-cl-login.dmi.p.unibas.ch
KDEDIRS = /usr
LANG = en_US.UTF-8
LESSOPEN = ||/usr/bin/lesspipe.sh %s
LMOD_CMD = /opt/apps/lmod/lmod/libexec/lmod
LMOD_DIR = /opt/apps/lmod/lmod/libexec
LMOD_PKG = /opt/apps/lmod/lmod
LMOD_SETTARG_FULL_SUPPORT = no
LMOD_VERSION = 7.8
LMOD_sys = Linux
LOADEDMODULES = EasyBuild/3.7.1
LOGNAME = easybuild
LS_COLORS = rs=0:di=38;5;27:ln=38;5;51:mh=44;38;5;15:pi=40;38;5;11:so=38;5;13:do=38;5;5:bd=48;5;232;38;5;11:cd=48;5;232;38;5;3:or=48;5;232;38;5;9:mi=05;48;5;232;38;5;15:su=48;5;196;38;5;15:sg=48;5;11;38;5;16:ca=48;5;196;38;5;226:tw=48;5;10;38;5;16:ow=48;5;10;38;5;21:st=48;5;21;38;5;15:ex=38;5;34:*.tar=38;5;9:*.tgz=38;5;9:*.arc=38;5;9:*.arj=38;5;9:*.taz=38;5;9:*.lha=38;5;9:*.lz4=38;5;9:*.lzh=38;5;9:*.lzma=38;5;9:*.tlz=38;5;9:*.txz=38;5;9:*.tzo=38;5;9:*.t7z=38;5;9:*.zip=38;5;9:*.z=38;5;9:*.Z=38;5;9:*.dz=38;5;9:*.gz=38;5;9:*.lrz=38;5;9:*.lz=38;5;9:*.lzo=38;5;9:*.xz=38;5;9:*.bz2=38;5;9:*.bz=38;5;9:*.tbz=38;5;9:*.tbz2=38;5;9:*.tz=38;5;9:*.deb=38;5;9:*.rpm=38;5;9:*.jar=38;5;9:*.war=38;5;9:*.ear=38;5;9:*.sar=38;5;9:*.rar=38;5;9:*.alz=38;5;9:*.ace=38;5;9:*.zoo=38;5;9:*.cpio=38;5;9:*.7z=38;5;9:*.rz=38;5;9:*.cab=38;5;9:*.jpg=38;5;13:*.jpeg=38;5;13:*.gif=38;5;13:*.bmp=38;5;13:*.pbm=38;5;13:*.pgm=38;5;13:*.ppm=38;5;13:*.tga=38;5;13:*.xbm=38;5;13:*.xpm=38;5;13:*.tif=38;5;13:*.tiff=38;5;13:*.png=38;5;13:*.svg=38;5;13:*.svgz=38;5;13:*.mng=38;5;13:*.pcx=38;5;13:*.mov=38;5;13:*.mpg=38;5;13:*.mpeg=38;5;13:*.m2v=38;5;13:*.mkv=38;5;13:*.webm=38;5;13:*.ogm=38;5;13:*.mp4=38;5;13:*.m4v=38;5;13:*.mp4v=38;5;13:*.vob=38;5;13:*.qt=38;5;13:*.nuv=38;5;13:*.wmv=38;5;13:*.asf=38;5;13:*.rm=38;5;13:*.rmvb=38;5;13:*.flc=38;5;13:*.avi=38;5;13:*.fli=38;5;13:*.flv=38;5;13:*.gl=38;5;13:*.dl=38;5;13:*.xcf=38;5;13:*.xwd=38;5;13:*.yuv=38;5;13:*.cgm=38;5;13:*.emf=38;5;13:*.axv=38;5;13:*.anx=38;5;13:*.ogv=38;5;13:*.ogx=38;5;13:*.aac=38;5;45:*.au=38;5;45:*.flac=38;5;45:*.mid=38;5;45:*.midi=38;5;45:*.mka=38;5;45:*.mp3=38;5;45:*.mpc=38;5;45:*.ogg=38;5;45:*.ra=38;5;45:*.wav=38;5;45:*.axa=38;5;45:*.oga=38;5;45:*.spx=38;5;45:*.xspf=38;5;45:
MAIL = /var/spool/mail/easybuild
MANPATH = /opt/sge/man:/opt/apps/lmod/lmod/share/man::/opt/c3-4/man
MODULEPATH = /opt/apps/easybuild/modules/all:/opt/apps/easybuild/modules/bio:/opt/apps/easybuild/modules/compiler:/opt/apps/easybuild/modules/data:/opt/apps/easybuild/modules/debugger:/opt/apps/easybuild/modules/devel:/opt/apps/easybuild/modules/lang:/opt/apps/easybuild/modules/lib:/opt/apps/easybuild/modules/math:/opt/apps/easybuild/modules/mpi:/opt/apps/easybuild/modules/numlib:/opt/apps/easybuild/modules/perf:/opt/apps/easybuild/modules/system:/opt/apps/easybuild/modules/toolchain:/opt/apps/easybuild/modules/tools:/opt/apps/easybuild/modules/vis:/opt/apps/modulefiles/Linux:/opt/apps/modulefiles/Core:/opt/apps/lmod/lmod/modulefiles/Core
MODULEPATH_ROOT = /opt/apps/modulefiles
MODULESHOME = /opt/apps/lmod/lmod
MSM_HOME = /usr/local/RAID Web Console 2
MSM_PRODUCT = RWC2
OPA_JAVA = /opt/apps/easybuild/software/Java/1.8.0_121
PATH = /opt/apps/easybuild/software/EasyBuild/3.7.1/bin:/opt/sge/bin/linux-x64:/usr/lib64/qt-3.3/bin:/home/easybuild/perl5/bin:/opt/cluster/admin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/c3-4:/opt/apps/vampir/bin:/home/easybuild/.local/bin:/home/easybuild/bin
PERL5LIB = /home/easybuild/perl5/lib/perl5:
PERL_LOCAL_LIB_ROOT = :/home/easybuild/perl5
PERL_MB_OPT = --install_base /home/easybuild/perl5
PERL_MM_OPT = INSTALL_BASE=/home/easybuild/perl5
PRODUCTNAME = RAID Web Console 2
PWD = /home/easybuild
PYTHONOPTIMIZE = 1
PYTHONPATH = /opt/apps/easybuild/software/EasyBuild/3.7.1/lib/python2.7/site-packages
QTDIR = /usr/lib64/qt-3.3
QTINC = /usr/lib64/qt-3.3/include
QTLIB = /usr/lib64/qt-3.3/lib
QT_GRAPHICSSYSTEM_CHECKED = 1
QT_PLUGIN_PATH = /usr/lib64/kde4/plugins:/usr/lib/kde4/plugins
SGE_CELL = default
SGE_CLUSTER_NAME = cluster
SGE_EXECD_PORT = 6445
SGE_QMASTER_PORT = 6444
SGE_ROOT = /opt/sge
SHELL = /bin/bash
SHLVL = 2
SSH_CLIENT = 131.152.54.204 55540 22
SSH_CONNECTION = 131.152.54.204 55540 131.152.126.152 22
SSH_TTY = /dev/pts/8
TERM = xterm-256color
USER = easybuild
XDG_DATA_DIRS = /home/easybuild/.local/share/flatpak/exports/share/:/var/lib/flatpak/exports/share/:/usr/local/share/:/usr/share/
XDG_RUNTIME_DIR = /run/user/900
XDG_SESSION_ID = 91149
_ = /usr/bin/python2
_LMFILES_ = /opt/apps/easybuild/modules/all/EasyBuild/3.7.1.lua
_ModuleTable001_ = 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
_ModuleTable002_ = 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
_ModuleTable003_ = L29wdC9hcHBzL2Vhc3lidWlsZC9tb2R1bGVzL3Rvb2xjaGFpbiIsIi9vcHQvYXBwcy9lYXN5YnVpbGQvbW9kdWxlcy90b29scyIsIi9vcHQvYXBwcy9lYXN5YnVpbGQvbW9kdWxlcy92aXMiLCIvb3B0L2FwcHMvbW9kdWxlZmlsZXMvTGludXgiLCIvb3B0L2FwcHMvbW9kdWxlZmlsZXMvQ29yZSIsIi9vcHQvYXBwcy9sbW9kL2xtb2QvbW9kdWxlZmlsZXMvQ29yZSIsfSxbInN5c3RlbUJhc2VNUEFUSCJdPSIvb3B0L2FwcHMvbW9kdWxlZmlsZXMvTGludXg6L29wdC9hcHBzL21vZHVsZWZpbGVzL0NvcmU6L29wdC9hcHBzL2xtb2QvbG1vZC9tb2R1bGVmaWxlcy9Db3JlIix9
_ModuleTable_Sz_ = 3
__LMOD_REF_COUNT_LOADEDMODULES = EasyBuild/3.7.1:1
__LMOD_REF_COUNT_MODULEPATH = /opt/apps/easybuild/modules/all:2;/opt/apps/easybuild/modules/bio:1;/opt/apps/easybuild/modules/compiler:1;/opt/apps/easybuild/modules/data:1;/opt/apps/easybuild/modules/debugger:1;/opt/apps/easybuild/modules/devel:1;/opt/apps/easybuild/modules/lang:1;/opt/apps/easybuild/modules/lib:1;/opt/apps/easybuild/modules/math:1;/opt/apps/easybuild/modules/mpi:1;/opt/apps/easybuild/modules/numlib:1;/opt/apps/easybuild/modules/perf:1;/opt/apps/easybuild/modules/system:1;/opt/apps/easybuild/modules/toolchain:1;/opt/apps/easybuild/modules/tools:1;/opt/apps/easybuild/modules/vis:1;/opt/apps/modulefiles/Linux:1;/opt/apps/modulefiles/Core:1;/opt/apps/lmod/lmod/modulefiles/Core:1
__LMOD_REF_COUNT_PATH = /opt/apps/easybuild/software/EasyBuild/3.7.1/bin:1;/opt/sge/bin/linux-x64:1;/usr/lib64/qt-3.3/bin:1;/home/easybuild/perl5/bin:1;/opt/cluster/admin:1;/usr/local/bin:1;/usr/bin:1;/usr/local/sbin:1;/usr/sbin:1;/opt/c3-4:1;/opt/apps/vampir/bin:1;/home/easybuild/.local/bin:1;/home/easybuild/bin:1
__LMOD_REF_COUNT_PYTHONPATH = /opt/apps/easybuild/software/EasyBuild/3.7.1/lib/python2.7/site-packages:1
__LMOD_REF_COUNT__LMFILES_ = /opt/apps/easybuild/modules/all/EasyBuild/3.7.1.lua:1
...