Попробуйте добавить атрибут "transform" к вашему элементу контейнера.
Вот рабочий пример, раздвоенный из примера Cluster Force Layout Майка Бостока :
https://jsfiddle.net/cmilneil/gpzavdqe/
Соответствующий бит кода здесь.Я добавляю новый элемент g
и перевожу его в угол содержащего элемента svg
:
var svg = d3.select("body").append("svg")
.attr("width", width)
.attr("height", height)
.append('g')
.attr('transform','translate(' + width/2 + ',' + -height/2 + ')' );