В расширенном разделе шага Получить источники вам необходимо включить опцию Подмодулей Checkout.
Что касается ваших последующих вопросов:
Куда мне поместить файлы моего решения
В идеале у вас должно быть одно решение, поскольку вы ожидаете, что эти проекты будут создаваться вместе.Наличие нескольких решений будет неудобно.Если вы хотите поделиться компонентами из одного решения, вам, вероятно, лучше опубликовать проекты из вашего второго репо в виде пакетов NuGet.