Половину времени без шаблона я не вижу строк в выводе, хотя я увеличиваю max.print и глобальные параметры в R studio.Подробности ниже:
Я запускаю модель lmer для больших наборов данных (более 100 000 наблюдений 14 переменных) с пакетами: lme4, lmerTest, tidyverse, lsmeans
У меня есть несколько наборов данных, которые я запускаюотдельно, но наборы данных не отличаются друг от друга по дизайну, и все они происходят из одного и того же набора исходных данных.Я просто удалил определенные строки в каждом наборе данных, чтобы ответить на разные вопросы.Переменные в каждом наборе данных включают в себя часы, местоположение, дату, глубину, температуру и преобразованную глубину для соответствия предположениям.
По какой-то причине после того, как я запустил функцию lsmeans () для получения парных сравнений, половину времени занимают строкиопущено: [достигнуто getOption ("max.print") - опущено 110 строк]
пример кода:
ft.model = lmer(dep.variable ~ fixed.factor + (1|random.factor), data = dataset)
anova(ft.model)
plot(ft.model, main = "residuals/fitted ft.model")
lsmeans(ft.model, pairwise~fixed.factor, adjust = "Tukey", max.print = 9999)
Так выглядит это с некоторыми из моих переменных:
ft.hrdepth = lmer(depth ~ hr + (1|FishID), data = all)
anova(ft.hrdepth)
plot(ft.hrdepth, main = "residuals/fitted ft.hrdepth")
lsmeans(ft.hrdepth, pairwise~hr, adjust = "Tukey", max.print = 9999)
Я попытался добавить аргумент max.print и увеличить его до 10000, 10000000, 9999, 99999999, Inf и других комбинаций.Я также вошел в настройки RStudio и изменил предел отображаемых строк на аналогичные числа: Инструменты> Глобальные параметры> Код> Показать> Предельная длина отображаемых в консоли строк: 1000000
Я также превратил lsmeans вобъект и использовал функцию print (), чтобы напечатать вывод или просто контрасты, но все равно не повезло:
pws = lsmeans(ft.model, pairwise~fixed.factor, adjust = "Tukey", max.print = 9999)
print(pws)
pwss = pws[[contrasts]]
print(pwss)
Я неоднократно пробовал с одним и тем же точным набором данных и разными наборами данных, и не вижу абсолютно никаких примеров того, почему он иногда пропускает строки и иногда не пропускает строки.
У меня нет исправлений для просмотра вывода lsmeans в консоли или в нижней части файла R Markdown, который у меня есть.(Обратите внимание, я также получаю тот же результат, когда я использую файл сценария R вместо файла разметки R = только половину времени, когда я получаю все строки).Пожалуйста помоги!Единственный способ гарантировать, что я вижу все строки, это экспортировать вывод контрастов lsmeans в файл csv, что крайне неэффективно и бесполезно, поскольку я также в идеале связываю все свои результаты в одном документе:
pws = lsmeans(ft.model, pairwise~fixed.factor, adjust = "Tukey", max.print = 9999)
pwss = pws[[contrasts]]
write.csv(pwss,file = "pwss.csv")
К вашему сведению, я использую RStudio версии 1.1.419 и R i386 3.4.3 Мой компьютер - HP Windows 10 Pro 64-битовая операционная система
пример набора данных:
структура (список (X = c (1L, 15L, 20L, 26L, 35L, 44L, 55L, 66L, 77L, 88L, 99L, 1111L,44444L, 77777L, 8888L, 999L, 2222L, 4444L, 55555L, 66666L, 777L, 88888L, 99999L, 11111L, 57890L, 23456L, 9675L, 129873L, 22222L, 333L, 5555L, 123434L, 84444677, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 99944, 9994444433L, 33322L, 22211L, 134534L, 111111L, 121111L, 131111L, 141111L, 151111L, 161111L, 123111L, 33444L, 5566L, 6677L, 9988L, 33888L, 87878L, 148483L, структура 139847L, 341 = 3423131, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 12L, 16L, 6L, 1L, 2L, 3L, 13L, 15L, 1L, 18л, 19л, 8л, 14л, 10л, 7л, 23л, 9л, 1л, 4л, 22л, 19л, 18л, 16л, 15л, 13л, 12л, 9л, 24л, 20л, 21л, 23л, 25л, 27л, 28L, 22L, 11L, 4L, 5L, 7L, 11L, 17L, 26L, 25L, 11L, 11L), .Label = c («10/01/2012», «10/02/2012», «10 /03/2012 "," 10.04.2012 "," 05.10.2012 "," 10.10.2012 "," 10.07.2012 "," 08.10.2012 "," 10/14/2012 »,« 15.10.2012 »,« 21.10.2012 »,« 27.10.2012 »,« 02.11.2012 »,« 03.11.2012 »,« 08.11.2012 », "15.11.2012", "19.11.2012", "20.11.2012", "25.11.2012", "29.11.2012", "03.12.2012", "12.04.2012 "," 08.12.2012 "," 12.12.2012 "," 13.12.2012 "," 17.12.2012 "," 18.12.2012 "," 12 /23/2012 "), class =" factor "), OrigTime = структура (c (1L, 5L, 6L, 8L, 9L, 11L, 13L, 18L, 22L, 25L, 27L, 32L, 47L, 3L, 2L, 52L, 33L, 40L, 39L, 21L, 4L, 45L, 48L, 7L, 28L, 14L, 16L, 55L, 23L, 44L,49л, 19л, 30л, 24л, 41л, 15л, 29л, 42л, 20л, 10л, 17л, 26л, 31л, 38л, 56л, 36л, 50л, 43л, 57л, 51л, 46л, 35л, 12л, 37л, 54л,34L, 58L, 53L), .Label = c ("00:03:39", "00:10:58", "00:31:07", "00:41:09", "01:24:09"," 01:48:18 "," 02:10:49 "," 02:17:49 "," 03:33:44 "," 04:41:53 "," 04:47:35 ",«05:13:35», «05:52:04», «06:04:16», «06:27:49», «06:45:23», «06:57:49», «07: 03: 07 "," 07:03:26 "," 07:19:39 "," 07:25:02 "," 08:12:43 "," 08:37:03 "," 08:44: 48 "," 09:27:02 "," 09:30:58 "," 10:41:49 "," 10:52:47 "," 11:09:06 "," 11:10:01"," 11:12:46 "," 11:15:04 "," 11:34:46 "," 11:59:42 "," 12:02:58 "," 12:36:34 ",«12:39:42», «13:20:47», «13:45:05», «13:50:05», «13:51:44», «14:04:15», «14: 47: 51 "," 14:51:57 "," 15:23:14 "," 15:37:53 "," 15:49:09 "," 16:08:00 "," 16:10: 44 "," 16:37:25 "," 17:34:17 "," 18:17:16 "," 19:34:03 "," 20:23:36 "," 20:40:22"," 21:20:51 "," 21:27:49 "," 22:44:33 "), class =" factor "), OrigDateTime = структура (c (1L, 3L, 4L, 9L, 10L,11л, 12л, 13л, 14л, 15л, 5л, 6л, 26л, 35л, 31л, 8л, 19л, 27л, 39л, 47л, 2л, 40л, 43L, 34L, 45L, 18L, 33L, 58L, 17L, 7L, 28L, 56L, 42L, 41L, 36L, 46L, 38L, 25L, 24L, 48L, 44L, 54L, 57L, 50L, 52L, 53L,55L, 21L, 29L, 30L, 32L, 23L, 37L, 51L, 49L, 22L, 20L), .Label = c («01.10.2012 0:03:39», «01.10.2012 0:41»): 09 "," 01.10.2012 1:24:09 "," 01.10.2012 1:48:18 "," 01.10.2012 10:41:49 "," 01.10.2012 11: 15: 04 "," 01.10.2012 14:51:57 "," 01.10.2012 18:17:16 "," 01.10.2012 2:17:49 "," 10/1 /2012 3:33:44 "," 01.10.2012 4:47:35 "," 01.10.2012 5:52:04 "," 01.10.2012 7:03:07 "," 10 /1/2012 8:12:43 "," 01.10.2012 9:27:02 "," 14.10.2012 4:41:53 "," 14.10.2012 8:37:03 ","15.10.2012 6:04:16 "," 02.10.2012 11:34:46 "," 21.10.2012 19:34:03 "," 21.10.2012 21:27:49 ", «21.10.2012 22:44:33», «21.10.2012 5:13:35», «21.10.2012 7:19:39», «27.10.2012 14:04:15 "," 27.10.2012 15:49:09 "," 03.10.2012 13:50:05 "," 04.10.2012 16:10:44 "," 04.10.2012 17:34:17 "," 05.10.2012 15:37:53 "," 06.10.2012 0:10:58 "," 07.10.2012 12:02:58 "," 07.10.20126:45:23 "," 08.10.2012 2:10:49 "," 15.11.2012 0:31:07 "," 15.11.2012 13:51:44 "," 19.11/ 2012 12:39:42 "," 11 /2/2012 11:09:06 "," 02.11.2012 13:45:05 "," 20.11.2012 15:23:14 "," 20.11.2012 8:44:48 ","25.11.2012 11:10:01 "," 25.11.2012 16:08:00 "," 29.11.2012 9:30:58 "," 03.11.2012 10:52:47 ", "08.11.2012 6:27:49", "08.11.2012 7:25:02", "10.12.2012 6:57:49", "13.12.2012 11:59:42 "," 13.12.2012 21:20:51 "," 17.12.2012 20:23:36 "," 18.12.2012 12:36:34 "," 23.12.2012 16:37:25 "," 03.12.2012 11:12:46 "," 04.12.2012 14:47:51 "," 04.12.2012 7:03:26 "," 08.12.201213:20:47 "," 8/12/2012 20:40:22 "), class =" factor "), TimeSerial = c (41183.0025347222, 41183.0584375, 41183.0752083333, 41183.0957060185, 41183.1484259259, 41183.1997106482, 41183310141)41183,3937731481, 41183,4457060185, +41183,4687962963, +41209,6591319444, +41228,0216087963, 41188,0076157407, 41183,7619907407, +41184,4824768519, +41185,5764467593, 41215,572974537, +41221,3090509259, 41183,0285763889, +41233,6411342593, 41238,6722222222, +41190,0908449074, 41216,4533217593, +41197,252962963, 41189,2815162037, +41251,8613657407, 41196.3590625, 41183,6194097222, 41186,6741203704, +41247,2940509259, +41238,4652893519, 41233,3644444444, +41228,5775925926, 41221,2693171296, 41215,4646527778, 41209,5862847222, 41203,3053125, 41196,1957523148, +41253,290150463, 41242,3965046296, +41246,4671990741, +41251,556099537, 41256,8894791667, +41261,5253935185, 41266,6926504629, 41247,6165625, 41203,8943171296, 41186,7321412037, +41187,6513078704, 41189,5020601851, 41203,2177662037,41232.5275694444, 41260.8497222222, 41256.4997916667, 41203.9476041667, 41203.8153125), DateNum = c (41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183, 41L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L18L184L18L18L43218181818818181818408183281818188413281818188181884140818240837840560660560650545644941, 41232.5275694444, 41260.8497222222, 41256.4997916667, 41203.9476041667, 41203.8153125), DateNum = c (41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183L, 41183, 411818181818, 4118181818, 411818181818, 4118181818181833, 41215L, 41221L, 41183L, 41233L, 41238L, 41190L, 41216L, 41197L, 41189L, 41251L, 41196L, 41183L, 41247L, 41238L, 41233L, 41228L, 4112, 41L, 41221L, 41215L, 41221L, 41215L, 41215341242L, 41246L, 41251L, 41256L, 41261L, 41266L, 41247L, 41203L, 41186L, 41187L, 41189L, 41203L, 41232L, 41260L, 41256L, 41203L, 41203L), TimeNum = с (0,0025347222, 0,0584375, 0,0752083333, 0,0957060185, 0,1484259259, 0,1997106482, 0,2444907407, 0,2938310185, 0,3421643519, 0,3937731481, 0,4457060185, 0,4687962963, 0,6591319444, 0,0216087963, 0,0076157407, 0,7619907407, 0,4824768519, 0,5764467593, 0,572974537, 0,3090509259, 0,0285763889, 0,6411342593, 0,6722222222, 0,0908449074, 0,4533217593, 0,252962963, 0,2815162037, 0,8613657407, 0,3590625, 0,6194097222, 0,6741203704, 0,2940509259, 0,4652893519, 0,3644444444, 0,5775925926, 0,2693171296, 0,4646527778, 0,5862847222, 0,3053125, 0,1957523148, 0,290150463, 0,3965046296, 0,4671990741, 0,556099537, 0,8894791667, 0,5253935185, 0,692650463, 0,6165625, 0,8943171296, 0,7321412037, 0,6513078704, 0,5020601852, 0,2177662037, 0,5275694444, 0,8497222222, 0,4997916667, 0,9476041667, 0,8153125), глубина = с (19,34, 19,34, 19,12, 18,46, 19,34, 19,34, 19,3419,12, 18,9, 19,12, 18,02, 20,88, 21,1, 20,44, 20,22, 20,44, 17,36, 18,9, 20, 17,8, 18,9, 17,36, 19,34, 16,92, 20,22, 20,22, 20, 9,89, 19,56, 18,68, 20, 11,920,22, 19,56, 21,1, 16,7, 20, 21,1, 19,56, 16,92, 20,22, 18,24, 17,36, 20,66, 10,3, 20,88, 19,34, 21,32, 16,26, 17,58, 18,46, 20, 18,46, 17,58, 9,45, 10,8, 18,68, 18.46), FishID = c (5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 5593L, 7510L, 7513L, 7508L, 7510L, 7509L, 7501L, 7508L, 7511L, 5593L, 7508L,7501L, 5593L, 7502L, 7513L, 7501L, 7501L, 5593L, 7508L, 6747L, 7501L, 7514L, 5593L, 7505L, 5593L, 7511L, 7513L, 5593L, 7508L, 6747L, 7510L, 7512L, 7512L, 7509L, 7508L7496L, 7510L, 5593L, 7501L, 7501L, 7503L, 7502L, 7514L, 5593L, 5593L, 7508L, 7508L), расположение = структура (c (1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,1L), .Label = "PM", class = "factor"), Temp = c (28,7, 28,7, 28,7, 28,7, 28,7, 28,7, 28,7, 28,6, 28,6, 28,6, 28,6, 28,6, 27, 24,1, 28, 28,6, 28,6, 28,2, 25,3, 25,8, 28,7, 22,6, 22,7, 27,5, 25,5, 27,6, 27,7, 22,5, 27,8, 28,6, 27,9, 21,6, 22,6, 22,6, 23,7, 26, 25,7, 27, 27,9, 27,8, 22,7, 22, 21,7, 22,4, 20,8, 21,4, 21,8, 21,6, 27,8, 28, 27,8, 27,7, 27,9, 22,6, 21,6, 20,7, 27,8, 27,7), hr = структура (c (1L, 2L, 2L,3л, 4л, 5л, 6л, 8л, 9л, 10л, 11л, 12л, 16л, 1л, 1л, 19л, 12л, 14л, 14л, 1л, 16л, 17л, 3л, 11л, 7л, 7л, 21л,9л, 15л, 17л, 8л, 12л, 9л, 14л, 7л, 12л, 15л, 8л, 5л, 7л, 10л, 12л, 14л, 22л, 13л, 17л, 15л, 22л, 18л, 16л, 13л, 6л,13L, 21L, 12L, 23L, 20L), .Label = c («01:00:00», «02:00:00», «03:00:00», «04:00:00», «05: 00: 00 "," 06:00:00 "," 07:00:00 "," 08:00:00 "," 09:00:00 "," 10:00:00 "," 11:00: 00 "," 12:00:00 "," 13:00:00 "," 14:00:00 "," 15:00:00 "," 16:00:00 "," 17:00:00"," 18:00:00 "," 19:00:00 "," 20:00:00 "," 21:00:00 "," 22:00:00 "," 23:00:00 "), класс = "фактор"), sqrtdepth = c (4.3977266854592, +4,3977266854592, +4,37264222181509, +4,29651021178817, +4,3977266854592, +4,3977266854592, +4,3977266854592, +4,37264222181509, +4,34741302385683, +4,37264222181509, +4,24499705535823, +4,56946386351834, +4,59347363114234, +4,52106182218293, +4,49666543118342, +4,52106182218293, +4,16653333119993, +4,34741302385683, +4,47213595499958, +4,2190046219458, +4,34741302385683, +4,16653333119993, +4,3977266854592, +4,11339276024063, +4,49666543118342,4.49666543118342, 4.47213595499958, 3.14483703870328, 4.4226688774992, 4.32203655699486, 4.47213595499958, 3.44963766213207, 4.49666543118342, 4.4226688774992, 4.5934340546, 4.59343405411424.59347363114234, +4,4226688774992, +4,11339276024063, +4,49666543118342, +4,27083130081252, +4,16653333119993, +4,5453272709454, +3,20936130717624, +4,56946386351834, +4,3977266854592, +4,61735855224608, +4,03236903073119, +4,19285105864733, +4,29651021178817, +4,47213595499958, +4,29651021178817, +4,19285105864733, +3,07408522978788, +3,286335345031, +4,32203655699486, +4,29651021178817), sqdepth = с (374.0356, 374.0356, 365,5744, 340,7716, 374,0356, 374,0356, 374,0356, 365,5744, 357,21, 365,5744, 324,7204, 435,9744, 445,21, 417,7936, 408,8484, 417,7936, 301,3696, 357,21, 400, 284, 284, 284, 284, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 286, 403, 285, 361, 355, 285, 285, 403, 285, 365, 405, 285, 365, 375, 365,57, 365,5744, 340,7716, 374,0356, 97,8121, 382,5936, 348,9424, 400, 141,61, 408,8484, 382,5936, 445,21, 278,89, 400, 445,21, 382,5936, 286,2864, 408,8484, 332,6976, 301,3696, 426,8356, 106,0, 435,976,6, 454,44, 451, 454, 541, 454, 381, 451, 451, 451, 454, 451, 451, 454, 451, 451, 451, 451, 451, 451, 451, 454, ПБД, 340.7716, 309.0564, 89.3025, 116.64, 348.9424, 340.7716), cudepth = c (7233.848504, 7233.848504, 6989.782528, 6290.643736, 7233.848504, 7233.848504, 7233,848504, +6989,782528, 6751,269, 6989,782528, +5851,461608, 9103,145472, 9393,931, +8539,701184, +8266,914648, 8539,701184, 5231,776256, 6751,269, 8000, 5639,752, 6751,269, +5231,776256, 7233,848504, 4843,965888, 8266,914648, +8266,914648, 8000, 967,361669, +7483,530816, +6518,244032,8000, 1685,159, +8266,914648, 7483,530816, 9393,931, 4657,463, 8000, 9393,931, 7483,530816, +4843,965888, 8266,914648, +6068,404224, +5231,776256, +8818,423496, 1092,727, +9103,145472, 7233,848504, 9690,843968, +4298,942376, +5433,211512, 6290,643736, 8000, +6290,643736, +5433,211512, 843,908625,1259.712, 6518.244032, 6290.643736)), class = "data.frame", row.names = c (NA, -58L))
Мне бы очень понравился любой ввод!