#WatsonStudio и #Biopython и #fasta файл, сохраненный в # S3 #Objectstorage

Question

Мне нужно прочитать файл fasta, загруженный в хранилище Cloud Object с использованием Biopython.У меня есть анотека на Python 2.7 в студии Watson.Кто-нибудь пробовал это?

Answer 1

Загрузите образец набора данных из biopython: - http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc49

Перетащите файл в облачное хранилище объектов.

Нажмите стрелку вниз рядом с этим файлом и выберите объект InsertStreamingBody

Это вставит объект streamingBody (например, streaming_body_1). Пожалуйста, запустите эту ячейку.

Далее прочитайте это в байтах Object

fastareadbytes = streaming_body_1.read()

Теперь нам нужно декодировать байты в строку, а затем преобразовать их в StringIO, чтобы мы могли использовать его в SeqIO.parse (), чтобы прочитать его

from io import StringIO
from Bio import SeqIO
for seq_record in SeqIO.parse(StringIO(fastareadbytes.decode('utf-8')), "fasta"):
    print(seq_record.id)
    print(repr(seq_record.seq))
    print(len(seq_record))

Вы увидите ответкак это: -