Пакет Conda build R дает сбой при проблеме компилятора C в MacOS Mojave - PullRequest
Новая
       27

Пакет Conda build R дает сбой при проблеме компилятора C в MacOS Mojave

0 голосов
/ 05 декабря 2018

Я пытаюсь установить пакет R под названием TreatSens с conda, чтобы использовать его в ноутбуке Jupyter.Команды, которые я выполнил:

conda install conda-build conda skeleton cran treatSens conda build r-treatsens conda install -c local r-treatsens

И я получил ошибку о компиляторе C 

* installing *source* package ‘dbarts’ ...
** package ‘dbarts’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... x86_64-apple-darwin13.4.0-clang
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/Users/myusername/anaconda3/conda-bld/r-dbarts_1543961434509/myenvname':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘dbarts’

Моя версия clang: 

clang version 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)
Target: x86_64-apple-darwin18.2.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Users/myusername/anaconda3/envs/myenvname/bin

Глядя в файл config.log, я вижу 

configure:3570: x86_64-apple-darwin13.4.0-clang -V >&5
clang-4.0: error: argument to '-V' is missing (expected 1 value)
clang-4.0: error: no input files
configure:3581: $? = 1
configure:3570: x86_64-apple-darwin13.4.0-clang -qversion >&5
clang-4.0: error: unknown argument: '-qversion'
clang-4.0: error: no input files
configure:3581: $? = 1
configure:3601: checking whether the C compiler works
configure:3623: x86_64-apple-darwin13.4.0-clang -march=core2 -mtune=haswell -mssse3 -ftree-vectorize -fPIC -fPIE -fstack-protector-strong -O2 -pipe -I/Users/myusername/anaconda3/envs/work/conda-bld/r-dbarts_1543961045662/_h_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehol/include -fdebug-prefix-map=/Users/myusername/anaconda3/envs/work/conda-bld/r-dbarts_1543961045662/work=/usr/local/src/conda/r-dbarts-0.9_5 -fdebug-prefix-map=/Users/myusername/anaconda3/envs/work/conda-bld/r-dbarts_1543961045662/_h_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehol=/usr/local/src/conda-prefix -D_FORTIFY_SOURCE=2 -mmacosx-version-min=10.9 -I/Users/myusername/anaconda3/envs/work/conda-bld/r-dbarts_1543961045662/_h_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehol/include -Wl,-pie -Wl,-headerpad_max_install_names -Wl,-dead_strip_dylibs -Wl,-rpath,/Users/myusername/anaconda3/envs/work/conda-bld/r-dbarts_1543961045662/_h_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehol/lib -L/Users/myusername/anaconda3/envs/work/conda-bld/r-dbarts_1543961045662/_h_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehol/lib conftest.c  >&5
ld: warning: ignoring file /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/lib/libSystem.tbd, file was built for unsupported file format ( 0x2D 0x2D 0x2D 0x20 0x21 0x74 0x61 0x70 0x69 0x2D 0x74 0x62 0x64 0x2D 0x76 0x33 ) which is not the architecture being linked (x86_64): /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX10.14.sdk/usr/lib/libSystem.tbd
ld: dynamic main executables must link with libSystem.dylib for architecture x86_64
clang-4.0: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)

Кажется, это проблема сборки Conda с использованием определенной версии компилятора Apple C.Я предполагаю, что мне нужно настроить компилятор C для сборки conda.Так что мой вопрос становится

  1. Какая правильная версия gcc мне нужна.
  2. Как установить ее для сборки conda.

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 27 апреля 2019

В качестве быстрого и грязного обходного пути (из этого комментария ) я смог установить пакеты в R, используя следующий код в RStudio (открытый в conda env) 

Sys.setenv(CONDA_BUILD_SYSROOT="/")

СейчасВы можете установить любой пакет R через консоль RStudio, например, 

install.packages("tidyverse")

Надеюсь, это поможет.

0 голосов
/ 21 апреля 2019

Есть несколько вещей, которые вы должны сделать, чтобы правильно построить вещи в MacOS Mojave.По таинственным для меня причинам, люди Anaconda не заинтересованы в , чтобы сделать это гладким, что особенно невыносимо для тех из нас, кто использует эзотерические R-пакеты.Я напишу то, что кажется текущим по состоянию на 2019-04-20:

1.Установите Xcode (v10.2.1)

2.Установите заголовки там, где открытый исходный код склонен ожидать их нахождения.Из командной строки: 

open /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg

3.Установите инструменты командной строки

  • По мере приближения пояса и брекетов я скачал и установил DMG * ​​1019 * с https://developer.apple.com/download/more/
  • Я считаю, что это тожечто сделано xcode-select --install.Если вы выполните эту команду, вы должны увидеть сообщение 
xcode-select: error: command line tools are already installed, use "Software Update" to install updates

4.Загрузите копию старых файлов MacOS SDK .Например, с здесь

5.Создайте каталог /opt

sudo mkdir /opt

6.Скопируйте туда файлы SDK 

sudo cp -r ~/Downloads/MacOSX10.9.sdk /opt/

sudo chmod -R a+rX /opt

7.Создайте conda_build_config.yaml файл , на который будет ссылаться Conda-build и соответствующее программное обеспечение.Он должен содержать следующее 

macos_min_version:
  - 10.9
macos_machine:
  - x86_64-apple-darwin13.4.0
MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET:
  - 10.9
CONDA_BUILD_SYSROOT:            # [osx]
  - /opt/MacOSX10.9.sdk          # [osx]

В терминале вы можете сделать это с помощью: 

mkdir ~/.conda || echo 'Dir already present'
cat "macos_min_version:" >> ~/.conda/conda_build_config.yaml
cat "  - 10.9" >> ~/.conda/conda_build_config.yaml
cat "macos_machine:" >> ~/.conda/conda_build_config.yaml
cat "  - x86_64-apple-darwin13.4.0" >> ~/.conda/conda_build_config.yaml
cat "MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET:" >> ~/.conda/conda_build_config.yaml
cat "  - 10.9" >> ~/.conda/conda_build_config.yaml
cat "CONDA_BUILD_SYSROOT:" >> ~/.conda/conda_build_config.yaml
cat "  - /opt/MacOSX10.9.sdk" >> ~/.conda/conda_build_config.yaml

8.Сообщите Конде о вашем файле YAML через ваш .condarc.Он должен содержать строки: 

conda_build:   
  config_file: ~/.conda/conda_build_config.yaml

, которые можно выполнить с помощью 

cat "conda_build:" >> ~/.condarc
cat "  config_file: ~/.conda/conda_build_config.yaml" >> ~/.condarc
...