Вам необходимо отслеживать координаты и проверять, находится ли мышь в одном из прямоугольников.
Пример:
var canvas = document.getElementById( 'myCanvas' ),
ctx = canvas.getContext( '2d' ),
// [x, y, width, height]
rects = [ [0, 0, 50, 50, '#f00' ], [60, 0, 50, 50, '#0f0' ], [ 0, 60, 50, 50, '#00f' ], [ 60, 60, 50, 50, '#555' ] ];
for ( var i = 0; i < rects.length; i++ ) {
// Draw rectangles at (x, y) with (width, height)
ctx.fillStyle = rects[ i ][ 4 ];
ctx.fillRect( rects[ i ][ 0 ], rects[ i ][1 ], rects[ i ][ 2 ], rects[ i ][ 3 ] )
}
canvas.addEventListener( 'click', function (e) {
var x = e.offsetX,
y = e.offsetY;
for ( var i = 0; i <rects.length; i++ ) {
// check if mouse x between x and x + width, also mouse y between y and y + height
if ( x > rects[ i ][ 0 ] && x < rects[ i ][ 0 ] + rects[ i ][ 2 ] && y > rects[ i ][ 1 ] && y < rects[ i ][ 1 ] + rects[ i ][ 3] ) {
console.log( 'Rectangle: ' + parseInt( i + 1 ) )
}
}
})
<canvas id="myCanvas"></canvas>