Образ mri T1 в питоне с Nipy - PullRequest
Новая
       54

Образ mri T1 в питоне с Nipy

0 голосов
/ 06 декабря 2018

У меня есть изображение T1 (NIFTI), уже выровненное, с размером 121 x 145 x 121.
Изображение загружается с помощью nibabel.Размер вокселя составляет 1,5 x 1,5 x 1,5 мм.
Я хочу преобразовать его в изображение с разрешением 2,0 x 2,0 x 2,0 мм и выровнять изображения.

У меня мало знаний о МРТманипулирование изображением.Я не смог найти понятный учебник.

Как мне это сделать?Если вы знаете любую другую библиотеку Python, которая может это сделать, она также будет работать.

1 Ответ

0 голосов
/ 02 января 2019

Я бы предложил использовать Nibabel.Он может уменьшить ваш файл nifti всего за несколько строк.
Пример, чтобы повторно сэмплировать изображение до размера вокселя 2x2x2: 

import nibabel
import nibabel.processing

input_path = r'/input/path/input_img.nii.gz'
output_path = r'/output/path/output_img.nii.gz'
voxel_size = [2, 2, 2]

input_img = nibabel.load(input_path)
resampled_img = nibabel.processing.resample_to_output(input_img, voxel_size)
nibabel.save(resampled_img, output_path)

Просто обновите input_path и output_path, чтобы отразить ваши файлы,Второй аргумент в функции resample_to_output (voxel_size) должен либо соответствовать измерениям вашего ввода, либо быть одним значением, тогда nibabel будет предполагать, что вам нужен одинаковый размер вокселя для всех измерений.

Информация Nibabel:
Документы: http://nipy.org/nibabel/.
Инструкции по установке: https://anaconda.org/conda-forge/nibabel

...