Я использую задачу Ant wsejbdeploy. Если вы используете ws_ant, поставляемый с RAD, вы можете получить что-то похожее на приведенное ниже в вашем файле сборки
<taskdef name="wsejbdeploy" classname="com.ibm.websphere.ant.tasks.WsEjbDeploy"/>
<wsejbdeploy inputJar="${EjbJarFile}" outputJar="${tempEjbJarFile}" workingDirectory="${tempWS.dir}" noWarnings="true" classpathref="project.classpath"/>