FSCrawler должен на данный момент иметь возможность определять, нужно ли индексировать файл с момента последнего запуска.Для этого используется дата последнего изменения файла.В зависимости от ОС эта дата может сохраняться при перемещении файлов.Если вы скопируете файл, хотя операционная система будет рассматривать его как новый файл.
Вы также можете заставить FSCrawler снова переиндексировать все, используя опцию перезапуска.