Используя ваше решение, этот способ является матрицей.
for i=1:115
[con(i,1:2)]= [polyfit(B(:,i),BB(:,i),1)]
end
Или пропустите измененную часть и выполните следующее:
for i=1:115
temp = (i-1)*72;
[con(i,1:2)] = polyfit(wl1(temp+(1:72)),wl2(temp+(1:72)),1);
end