Вы пытаетесь обрезать его по дну?
Вот несколько способов, которые я могу придумать:
- перейти к переднему орфографическому изображению, перейти в режим каркаса ив режиме редактирования нажмите кнопку B (выбор поля) и выберите, сколько вы хотите отрезать от сетки.
- создайте куб (не плоскость), который покрывает то, что вы хотите отрезать, и включитек поверхности кратера добавьте логический модификатор и вместо пересечения измените его на разность и установите для объекта куб.
пример логического модификатора: 
- Создайте линию и используйте проект ножа, и включите «прорезать», это будет разрезать эту линию через сетку под углом, на который вы смотрите..
- Вы также можете использовать опцию bisect на вкладке инструментов, которая будет обрезать линию вокруг вашего объекта.Просто щелкните в начальной точке и перетащите ее.
- Чтобы обеспечить плоское дно, перейдите к переднему орфографическому, каркасному, выберите нижнюю часть и нажмите «S» (масштаб), «Z»(ось z) и «0»
Бисектный инструмент:
Надеюсь, один из этих способов сработает, и удачи!