Это зависит от того, что вы подразумеваете под «запустить соответствующую версию».Это подразумевает, что у вас уже написан код, который нужно выбрать, и в этом случае это вообще не вопрос установки - вам просто нужно найти разрядность ОС и затем установить соответствующий файл MSI (или сгенерированную VS настройку).EXE).Если это средство запуска C #, возможно, вы бы использовали Environment.Is64BitOperatingSystem.
В вашем вопросе не указано, доставляете ли вы код (сборки, COM Dll и т. Д.), Который будет использоваться клиентскими программами.Я упоминаю об этом, потому что ваша 32-битная установка будет установлена и запущена на 64-битных версиях ОС в 32-битной подсистеме.Предполагается, что 64-разрядная версия будет содержать только собственный 64-разрядный код.
Обратите внимание, что ваша 64-битная установка все равно не будет установлена на 32-битную ОС.