Именно так Microsoft рекомендует для решения подобных проблем.Если вы работаете с COM, вы можете сделать сервер COM exe.Для .NET используйте WCF.В вашем случае - родной C ++, никакой COM - файл или канал с отображением в памяти - хороший выбор.
Что касается папки назначения установки - вам нужно проверить это с помощью инструмента, используемого для сборки пакетов установки.Если целевая установка является 64-битной, а один исполняемый файл - 32-битным - инструмент может показывать предупреждение об этом файле.Когда файл выполняется, не имеет значения, находится ли он в Program Files или Program Files (x86), или в любом другом каталоге.