Это зависит от того, насколько сложным вы хотите, чтобы все было.
Самое простое решение - это то, что я сказал в комментарии: просто используйте встроенный код R, чтобы поместить значения непосредственно в Javascript как часть вашего текста.Это не работает, если Javascript находится в чанке, только если он находится в необработанном виде <script></script>.Например,
---
output: html_document
---
```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
```{r}
msg <- "This doesn't work."
```
```{javascript}
alert("`r msg`")
```
```{r}
msg <- "This works: this is a message from R!"
```
<script>
alert("`r msg`")
</script>
Более сложные версии включают в себя написание htmlwidget, что немного сложно, но позволяет выполнять произвольный код Javascript при печати объекта R или при переходе в Shiny, если выхотите, чтобы код R отвечал пользователю, просматривающему веб-страницу.