Ошибка левого соединения dplyr при создании кадра данных для карты перегрева - PullRequest
Новая
       20

Ошибка левого соединения dplyr при создании кадра данных для карты перегрева

0 голосов
/ 07 октября 2018

Я пытаюсь подготовить данные для создания тепловой карты с использованием пакета перегрева в R.
Я собираюсь использовать left_join() для объединения двух фреймов данных, один из которых содержит данные об изобилии, а другой содержит столбец с соответствующими именами сайтов.,Функция перегрева не принимает мой столбец с именами сайтов в качестве фактора.Я надеялся left_join() обойти эту проблему.Пока мой код не работает.Буду признателен за вашу помощь! 

fishdiet <- read.csv("Capis_otu_superheat3_small.csv", header=TRUE, row.names = 1)
Sites <- read.csv("Sites.csv", header=TRUE)

# choose only columns with numeric values
mynumbers <- fishdiet[,c(2:15)]

# left join the 2 data frames 
joined.data <- left_join(data.frame(Sites = rownames(mynumbers)),
                           Sites,
                           by = "Site")
 # or try
joined.data <- left_join(Sites, mynumbers, by = "Site")

вывод: dput (head (fishdiet)) * 

structure(list(Site = structure(c(3L, 6L, 5L, 3L, 4L, 7L), .Label = c("MLALR", 
"MLCCR", "MLPBL", "MLPPR", "MLPST", "MLRNW", "MLROL", "MLSCR", 
"MLSIS"), class = "factor"), A1 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), 
A2 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A3 = c(0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 
0L), A4 = c(3L, 0L, 5L, 0L, 52L, 9L), A5 = c(0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L), A6 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A7 = c(0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L), A8 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A9 = c(0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A10 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), A11 = c(0L, 
1757L, 0L, 0L, 0L, 716L), A12 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), 
A13 = c(24499L, 8785L, 7267L, 19885L, 69L, 12L), A14 = c(19L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L)), row.names = c("BCS19-10-1_ML1926", 
"BCS19-10-2_ML1950", "BCS19-10-3_ML1974", "BCS19-10-4_ML1998", 
"BCS19-10-5_ML2022", "BCS19-10-6_ML2046"), class = "data.frame")

вывод: dput (head (сайты)) 

structure(list(Site = structure(c(3L, 6L, 5L, 3L, 4L, 7L), .Label = c("MLALR", 
"MLCCR", "MLPBL", "MLPPR", "MLPST", "MLRNW", "MLROL", "MLSCR", 
"MLSIS"), class = "factor")), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")

1 Ответ

0 голосов
/ 08 октября 2018

Немного неясно, к чему вы стремитесь.Обе ваши попытки 

left_join(data.frame(Sites = rownames(mynumbers)), Sites, by = "Site")

и 

left_join(Sites, mynumbers, by = "Site")

не увенчались успехом, поскольку mynumbers не содержит столбца «Сайт» (к которому вы пытаетесь присоединиться).Если ваша цель состоит в том, чтобы просто избавиться от факторов, которые вы можете просто сделать 

fishdiet <- fishdiet %>%
    rownames_to_column() %>%  # necessary only if you want to preserve rownames
    mutate(fishdiet, Site = as.character(Site))

, то попробуйте вызвать функцию своей тепловой карты на fishdiet.Если это не сработает, не стесняйтесь публиковать код вашей тепловой карты и желаемый результат, вам будет легче помочь в этом.

...