Совет высокого уровня - использовать IntelliJ, а не Eclipse, для разработки Scala с Flink.С IntelliJ установите плагин Scala от Jetbrains и добавьте Scala SDK в раздел «Глобальные библиотеки» диалогового окна структуры проекта.
Мне не удалось заставить Eclipse выполнять смешанную разработку Java / Scala.