После упаковки в JAR все, включая ваши HTML-шаблоны, заархивируются в этот JAR, и поэтому пути файловой системы не будут работать для вас.В Java нет системы адресации файлов, такой как ваш браузер / html.
Один из вариантов - загрузить эти HTML-шаблоны с помощью ClassLoader.getResourceAsStream
API.
Измените код на:
InputStream stream = this.getClass().getClassLoader().getResourceAsStream("/templateGeno2Pheno.html");
String htmlString = IOUtils.toString(stream);
IOUtils из библиотеки ввода-вывода Apache Commons.
HTH