Используя загрузчик классов, вы сможете получить доступ к папке.
Например, если у вас есть папка "templates" в ваших классах dir:
try {
URL u = getClass().getClassLoader().getResource("templates");
File f = new File(u.getFile());
File[] dir = f.listFiles();
for(int i=0;i<dir.length;i++) {
System.out.println(dir[i].getName());
}
} catch(Exception e) {
e.printStackTrace();
}
Возможно, ваш контейнер ограничивает доступ на основе относительного пути?