Наличие только тех пространств имен, которые вы фактически используете, позволяет сохранять документированный код.
Вы можете легко найти, какие части вашего кода вызывают друг друга с помощью любого инструмента поиска.
Если у вас есть неиспользуемые пространства имен, это ничего не значит при запуске поиска.
Сейчас я работаю над очисткой пространств имен, потому что меня постоянно спрашивают, какие части приложения так или иначе обращаются к одним и тем же данным.
Я знаю, какие части обращаются к данным в любом случае, поскольку доступ к данным разделен пространствами имен, например, непосредственно через базу данных и напрямую через веб-сервис.
Я не могу придумать более простой способ сделать это все сразу.
Если вы просто хотите, чтобы ваш код был черным ящиком (для разработчиков), тогда да, это не имеет значения. Но если вам нужно поддерживать его со временем, это ценная документация, как и весь другой код.