Как заставить внутренний цикл учитывать каждую итерацию внешнего цикла?

Question

Трехбуквенный набор, состоящий из 'A', 'U', 'G' or 'C', определяется как кодон.Каждый кодон соответствует одному из 20 букв.Набор этих букв (аминокислот) определяется как белок.Файл "codons.txt" содержит кодоны и соответствующие им буквы.

Проблема в следующем: внутренний цикл for работает только один раз - он сравнивает строки из файла txt только с первым кодоном.Затем, как я понимаю, метод пропускает внутренний цикл.

Код:

path = r'C:\Users\...\codons.txt'
f = open(path, 'r')

def prot(DNA):
    protein = ''
    a = True
    for i in range (0, len(DNA)-2,3):
        codon = DNA[i:i+3:1]
        print(codon)
        for line in f:
            if line[0:3:1] == codon:
                protein += line[4:5:1]
                print(protein)
    return protein


prot('AGUCAGGAUAGUCUUA')

Вывод:

 AGU
 S
 CAG
 GAU
 AGU
 CUU

Вопрос следующий: как сделатьработа внутреннего цикла для каждого кодона?

Answer 1

При итерации по файлу (for line in f:) он останавливается при достижении конца файла.

Вы можете либо:

• сбросить положение считывателя файла наначало файла с помощью f.seek(0)

• или изменение порядка циклов, так что вы можете выполнить итерацию по файлу только один раз.

  def prot(DNA):
      protein = ''
  
      with open(path, 'r') as f:
          for line in f:
              for i in range (0, len(DNA)-2,3):
                  codon = DNA[i:i+3:1]
                  print(codon)
  
                      if line[0:3:1] == codon:
                          protein += line[4:5:1]
                          print(protein)
  
      return protein