Как изменить две переменные, используя lapply и biomart - PullRequest
Новая
       46

Как изменить две переменные, используя lapply и biomart

0 голосов
/ 29 апреля 2018

Я использовал lapply вместе с biomart для извлечения гомологов для 3 разных видов. Мне также нужно извлечь целевые идентификаторы для всех гомологов, и я надеялся также использовать lapply для целевых идентификаторов, чтобы сделать мой код более эффективным. Код, который у меня есть, приведен ниже:

Загрузка Biomart: 

library(biomaRt)

Установить видовой вектор 

species <- c("hsapiens", "mmusculus", "ggallus")

Установить соединение с ансамблем для всех видов 

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                            dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
ensembl_mmusculus <- useMart("ensembl", 
                         dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
ensembl_ggallus <- useMart("ensembl",
                           dataset = "ggallus_gene_ensembl")

Получить человеческие гены 

hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                          filters = "biotype", 
                          values = "protein_coding", 
                          mart = ensembl_hsapiens)

ensembl_gene_ID <- hsapien_PC_genes$ensembl_gene_id

Получить гомологи, но исключить людей, так как они уже были получены с использованием видов [2: 9] 

all_homologues <- list()



all_homologues <- lapply(species[2:9], function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                                   "external_gene_name", 
                                                                   paste0(s, c("_homolog_ensembl_gene",
                                                                               "_homolog_associated_gene_name"))),
                                                    filters = "ensembl_gene_id",
                                                    values = c(ensembl_gene_ID),
                                                    mart = ensembl_hsapiens))

Здесь я сталкиваюсь с проблемами, я не знаю, как установить ensembl_gene_id для каждого вида и использовать lapply для его запуска. То, что я пробовал до сих пор, ниже: 

target_id <- list()

target_id <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                             "external_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_associated_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_perc_id"), 
                              filters = "ensembl_gene_id", 
                              values = c(all_homologues[[]][["ensembl_gene_id"]]), 
                              mart = get(paste0("ensembl_", s))))

Я могу заставить его работать как обычно: 

target_id[["mmusculus"]] <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                             "external_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_associated_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_perc_id"), 
                              filters = "ensembl_gene_id", 
                              values = c(all_homologues[["mmusculus"]]$ensembl_gene_id), 
                              mart = ensembl_mmusulus)

target_id[["ggallus"]] <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                 "external_gene_name", 
                                                 "hsapiens_homolog_associated_gene_name", 
                                                 "hsapiens_homolog_perc_id"), 
                                  filters = "ensembl_gene_id", 
                                  values = c(all_homologues[["ggallus"]]$ensembl_gene_id), 
                                  mart = ensembl_ggallus)

Но это не так эффективно, как заставить r автоматически менять вид для меня

1 Ответ

0 голосов
/ 30 апреля 2018

Я нашел решение: 

target_id <- lapply(species[-1], function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                             "external_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_associated_gene_name", 
                                             "hsapiens_homolog_perc_id"), 
                              filters = "ensembl_gene_id", 
                              values = all_homologues[[paste0(s)]][paste0(s, "_homolog_ensembl_gene")], 
                              mart = ensembl[[paste0(s)]]))
...