Еще одна проблема с lapply и BioMart - PullRequest
Новая
       34

Еще одна проблема с lapply и BioMart

0 голосов
/ 26 апреля 2018

Я недавно задал вопрос о lapply, но теперь я изменил свой подход и столкнулся с большим количеством проблем, которые не могу решить.

У меня проблемы с кодом:

Загрузка biomaRt 

library(biomaRt)

Создай витрину Сяпиена 

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                        dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

Затем я извлекаю человеческие гены: 

hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                      filters = "biotype", 
                      values = "protein_coding", 
                      mart = ensembl_hsapiens)

ensembl_gene_ID <- hsapien_PC_genes$ensembl_gene_id

Установить видовой вектор 

species <- c("mmusculus", "ggallus")

Это все работает как положено, у меня возникают проблемы при использовании lapply 

all_homologues <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                               "external_gene_name", 
                                                               get(paste0(s, "_homolog_ensembl_gene")), 
                                                               get(paste0(s, "_homolog_associated_ensembl_gene")), 
                                                               filters = "ensembl_gene_id", 
                                                               values = c(ensembl_gene_ID), 
                                                               mart = ensembl_hsapiens)))

Я получаю сообщение об ошибке: 

 Error in martCheck(mart) : 
  You must provide a valid Mart object. To create a Mart object use the function: useMart.  Check ?useMart for more information.

Код отлично работает так: 

all_homologues <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name",  
                               "mmusculus_homolog_ensembl_gene", 
                               "mmusculus_homolog_associated_gene_name"),
                           filters = "ensembl_gene_id",
                           values = c(ensembl_gene_ID),
                           mart = ensembl_hsapiens)

Но у меня много видов, поэтому я хочу иметь возможность использовать небольшой кусочек кода для извлечения гомологов для вида, а не переписывать его все для каждого вида.

Я думаю, что я делаю что-то не так с lapply, поскольку витрина работает отлично, когда не используется lapply.

Мой предыдущий вопрос: Ошибка при использовании biomart

1 Ответ

0 голосов
/ 26 апреля 2018

После игры с ним мне удалось заставить его работать, используя: 

all_homologues <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                               "external_gene_name", 
                                                               paste0(s, c("_homolog_ensembl_gene",
                                                                           "_homolog_associated_gene_name"))),
                                                filters = "ensembl_gene_id",
                                                values = c(ensembl_gene_ID),
                                                mart = ensembl_hsapiens))

Хотя я не совсем уверен, почему?

...